С преобразованием Александринского и Николаевского сиротских Институтов, о которых речь пойдёт ниже, число воспитанников в Малолетнем отделении увеличилось со 180 до 220, из которых 90 составляли мальчики. В Малолетнее отделение поступали для призрения и воспитания штаб- и обер-офицерские сироты от 2,5 до 9,5 лет [15].

В учебно-воспитательном отношении все дети были разделены на 14 групп и 4 класса: девочки были распределены в 11 групп и 2 класса, мальчики – в 3 группы и 2 класса. Классы были разделены на младшие и старшие отдельно для девочек и для мальчиков. Малолетних детей постепенно приучали к школьной жизни. Нередко дети не проявляли умственных способностей, что объяснялось «заброшенностью несчастных сирот» вследствие смерти родителей и неблагоприятных условий, «в корне повредивших зачатки их телесных и душевных сил».[18]

Личный состав Малолетнего отделения состоял из 17 воспитательниц, (из них одна была главная), 8 классных дам, 1 врача, 2 фельдшеров и 1 надзирательницы лазарета [16].

По штату 1849 г. должность врача Малолетнего отделения приравнивалась к ставке старшего доктора Воспитательного дома, при этом жалование было несколько меньше, несмотря на большое количество детей, обширные обязанности и большую ответственность. Тогда князь А. П. Оболенский «признал справедливым повысить оклад врача и направил ходатайство о присвоении ему содержания наравне со старшим врачом Воспитательного дома в специально созданный Комитет, который сделал соответствующие изменения в штате заведения».[19]

После 10-летнего возраста для получения дальнейшего образования девочек из Малолетнего отделения переводили в Николаевский сиротский институт при Московском воспитательном доме, а мальчиков – в Александринский сиротский институт, в военно-учебные заведения; не способные к военной службе поступали в гражданские гимназии [3].

С 1847 г. Малолетнее отделение, помещавшееся в отдельном здании, стало относительно самостоятельным учреждением, оставаясь, в сущности, частью Московского воспитательного дома и подчиняясь одному с Домом почётному опекуну [15].

В 1879 г. Малолетнее отделение вышло из-под управления Воспитательного дома, и было переименовано в Александринское сиротское малолетнее училище в память об императрице Александре Фёдоровне.

В связи с кончиной 14 октября 1828 г. императрицы Марии Фёдоровны, под покровительством которой Московский воспитательный дом находился в течение 31 года, сын её, император Николай I указом от 26 октября того же года принял под своё непосредственное и особое попечение воспитательные дома в Москве и Петербурге. Все дела, прежде решавшиеся императрицей, теперь по своему усмотрению должен был решать Николай I. В соответствии с завещанием матери император издаёт 6 декабря 1828 г. указ, согласно которому Воспитательные дома передаются под покровительство его супруге императрице Александре Фёдоровне.

С Высочайшего разрешения, последовавшего 22 октября 1830 г., для призрения и содержания сирот чиновников, умерших от свирепствовавшей в Москве в тот год эпидемии холеры, на средства Московского Опекунского совета был открыт «Дом для призрения сирот чиновников, умерших от холеры», который разместили в доме, принадлежавшем с 1807 г. графу С. С. Апраксину. В этом доме, располагавшемся на углу Арбатской площади и Знаменки, дважды был пожар: в 1812 г. – во время вторжения наполеоновской армии в Москву и в 1815 г. В восстановленном после пожара большом доме С. С. Апраксин жить не стал, а устроил в нём крепостной театр. С 1814 по 1818 годы там выступал Московский Императорский театр, а затем итальянская труппа. В 20-е годы XIX столетия после смерти графа С. С. Апраксина его вдова продала дом Московскому Опекунскому совету. Так в 1831 г. дом перешел в казну и был перестроен для сиротского учреждения, куда стали принимать детей тех, кто погиб во время эпидемии холеры 1830 г.