С 1723 года в Школу, которую стали называть «Московской академией», принимали только дворян. После смерти Петра I, уже в 1727 г., из установленного комплекта для Навигацкой школы в 500 человек в наличии оказалось только 181. «Застарелых», кто годами делал вид, что учился, велено было послать в матросы, остальных проверить, и тех, кто науку окончил, послать в Санкт-Петербург в Адмиралтейскую коллегию для определения. Оставшихся учеников дополнить до 500 из недорослей от 12 до 17 лет и определить им время обучения. Однако в 1726 г. в Адмиралтейскую коллегию попало из Школы всего 6 человек.

В 1731 году в Школу «заглянул» прибывший в Москву Михаил Ломоносов: «…сунулся в цифирную школу, что была в Сухаревой башне», но ему «этой науки показалось мало». Тем не менее его не взяли по причине того, что он не был дворянином, поэтому 15 января он подал прошение о зачислении в Славяно-греко-латинскую академию, где он представился сыном попа.

В 1731 году был установлен комплект Московской математической школы, сниженный с петровских 500 единиц до 100. В таком виде Школа продолжала существовать до 1752 г., когда была закрыта в связи с созданием Морского шляхетного кадетского корпуса на базе Морской академии в Санкт-Петербурге. При этом часть учеников старших классов из дворян были переведены в новый Корпус, а остальные ученики были разосланы по губерниям для преподавания начальных дисциплин.

После закрытия Московской математической школы в Сухареву башню из Кремля перевели Адмиралтейскую контору, которая просуществовала здесь до 1806 г.

В 1934 году Сухареву башню, несмотря на протесты архитекторов и историков, разобрали по кирпичику для перестройки квартала…

Необходимо также отметить, что на примере Навигацкой школы в Москве создавались начальные школы при различных верфях. Так, в 1711 г. А. Курбатов открыл Школу в Архангельске.

28 декабря 1715 г. Петр I дал указ Сенату о взятии из Московской навигацкой школы знающих географию и геометрию и отсылке по два человека в губернии для обучения «всякого чина молодых людей…». Школы открыли в Нарве и Новгороде, затем в Риге, Казани, Астрахани, Кронштадте и Ревеле (Таллине).

Указом Сената от 30 июля 1731 г. была предусмотрена подготовка местных морских кадров, для чего было велено послать из Адмиралтейства трех штурманов и матросов человек шесть, «к которым придать из казацких детей молодых и обучать морскому ходу, дабы там своих штурманов и матросов завесть». Первые такие школы были созданы в Тобольске, Якутске, Илимске, Иркутске, Нерчинске, Охотске после базирования в них отрядов Великой Северной (Второй Камчатской) экспедиции Витуса Беринга (1733—1738).

Таким образом можно констатировать, что Навигацкая школа в Москве явилась не только первой ступенью создания системы военно-морского образования в России, но и первой ступенью подготовки образованных кадров для всех гражданских структур Российского государства.

1 октября 1715 г. (старого стиля) был подписан указ Петра I, в котором было написано: «УКАЗУЮ ОСНОВАТЬ НА АДМИРАЛТЕЙСКОМ ОСТРОВУ МОРСКУЮ АКАДЕМИЮ» (РГА ВМФ. Ф. 223). Академия была создана в новой столице России Санкт-Петербурге на базе старших навигаторских классов Навигацких школ Москвы, Нарвы и Новгорода из числа воспитанников дворянского происхождения. Академия создавалась по образцу французских морских училищ Марселя, Тулона и Бордо и расположилась в двухэтажном доме на деловом дворе бывшего соратника Петра I адмиралтейств-советника А. В. Кикина (в 1713 г. лишенного чинов и званий за участие в аферах с подрядными компаниями, а в феврале 1718 г. казненного колесованием в Москве за участие в планировавшемся перевороте царевича Алексея