В апреле 1939 г. стало известно о формировании снова отдельного Гидрографического училища. Приказами народного комиссара⠀ВМФ №0337 от 8 июля и №384 от 2 октября⠀1939 г. Гидрографический отдел ВВМУ им. М. В. был вновь преобразован в Высшее военно-морское гидрографическое училище. Таким образом из состава Училища был удален Гидрографический отдел.

В 1939 году Училище окончило 625 лейтенантов.

Авторитет Училища постоянно рос. Так, в 1940 году на 300 вакантных мест было подано 3 900 заявлений. В этом же году Училище окончило 404 лейтенанта.

В январе 1941 г. при начальнике Училища контр-адмирале Семене Спиридоновиче Рамишвили и Наркоме ВМФ Николае Герасимовиче Кузнецове (оба выпускники ВМУ им. М. В. Фрунзе 1926 г.) Училище отпраздновало свое 240-летие, подтвердив свою преемственность от созданной в Москве в 1701 году Навигацкой школы.

Начало Великой Отечественной войны 22 июня 1941 года совпало с периодом практики у курсантов.

25 июня 1941 года состоялся досрочный выпуск 198 офицеров.

31 октября 1941 года состоялся второй досрочный выпуск.

Курсанты 1 и 2 курсов в июле-августе 1941 года принимали участие в боях в составе 1-й Отдельной бригады морской пехоты.

В конце июля 1941 г. было принято решение перебазировать Высшее военно-морское гидрографическое училище им. Г. М. Орджоникидзе в Астрахань и на положении Гидрографического отдела вновь ввести в состав также начавшего эвакуироваться в этот город Высшего военно-морского училища им. М. В. Фрунзе. Тяжелую утрату понесло Училище в период перебазирования. 17 октября при переходе судов по Ладожскому озеру погибло 128 курсантов и 8 офицеров первой группы гидрографов, следовавших в Астрахань, и только 20-ти оставшимся в живых удалось прибыть к месту назначения.

В начале декабря 1941 года было принято решение об эвакуации оставшейся части курсантов ВВМУ им. М. В. Фрунзе из Ленинграда в Астрахань. Эвакуация Училища под руководством его начальника капитана 1 ранга Б. М. Жукова была закончена 10 января 1942 года.

В августе 1942 г. в результате сложившейся обстановки на Южном фронте Училище было перебазировано из Астрахани в Баку на учебных кораблях «Правда» и «Шаумян». В Баку, на базе бывшего Каспийского Военно-морского училища, продолжилась напряженная учеба и подготовка новых кадров.

С 1942 по 1944 годы начальником Училища был капитан 1 ранга К. Д. Сухиашвили, а его заместителем по учебной части – А. П. Белобров. Среди преподавателей Гидрографического отдела – В. И. Зефиров, М. Н. Кирпичников, А. И. Швейцаренко, Г. А. Гладышев, В. М. Никитин. Приходили в Училище и новые преподаватели, выпускники прошлых лет, получившие опыт боевых действий. Программы непрерывно обновлялись с учетом требований и боевого опыта флотов.

10 декабря 1942 г. в Баку уже в составе ВВМУ им. М. В. Фрунзе состоялся выпуск курсантов-гидрографов, поступивших на первый курс ВВМГУ им. Г. М. Орджоникидзе в 1939 г. В распоряжение Военных советов флотов и флотилий было направлено 94 офицера-гидрографа. Среди них С. И. Вартаньян, Н. Я. Дорохов, А. Г. Евланов, Е. А. Калинин, М. К. Калюжный, В. С. Нариманов, И. П. Нарышкин.

10 мая 1944 года состоялся последний выпуск Училища военного времени, включая офицеров-гидрографов. С этим выпуском ушли на фронт гидрографы ленинградского набора 1940 г. В их числе были И. Г. Евланов, Б. М. Землянов, А. Е. Колодяжный, Д. Н. Князев, А. И. Судзиловский, Я. И. Сукеник.

6 июля 1944 года первая партия курсантов и преподавателей во главе с начальником Училища контр-адмиралом В. Ю. Рыбалтовским вернулись в Ленинград.

Летом 1944 г. часть курсантов-гидрографов возвратилась в Ленинград из Баку, а осенью в здание училища им. М. В. Фрунзе были переведены все курсы Гидрографического отдела, а также младшие курсы основного набора.