Определенного срока обучения учеников в Академии не существовало, период пребывания в учебном заведении зависел от способностей каждого воспитанника, и главное – наличия свободных вакансий в списках Гардемаринской роты, а затем вакансий в офицерском составе флота. Общий срок обучения-службы в гардемаринской роте составлял 6 лет и 9 месяцев. Однако в отдельных случаях гардемарины производились в офицеры через 4—5 лет после попадания в Гардемаринскую роту, и в то же время нередки были случаи службы в гардемаринском звании по 15—20 и более лет. Известно, что в 1744 г. в отставку «по болезни и старости» был уволен гардемарин Академии Иван Трубников в возрасте 54 лет, безрезультатно проучившийся почти три десятилетия! За плохую службу в Гардемаринской роте и низкую успеваемость нередки были случаи обратного перевода гардемаринов в Академию на положение ученика или просто в матросы на флот.

Однако в XVIII веке существовала и практика, когда были назначения в Гардемаринскую роту Академии без предварительного в ней обучения. В основном это относилось к сыновьям флотских офицеров, которые получали соответствующее образование дома. В таких случаях отец, находившийся в одном из портовых городов, посылал соответствующее прошение в Адмиралтейств-коллегию с приложением перечня пройденных дисциплин и Свидетельств офицеров, подтверждающих уровень знаний недоросля на основе проведенной «экзаменации». Члены Коллегии иногда довольствовались подобным прошением и назначали недоросля в гардемарины, а иногда вызывали его в Академию для проведения «экзаменации» ее учителями. Если вновь определяющейся сделал с отцом несколько морских кампаний, то это служило лучшей рекомендацией. Сыновья заслуженных адмиралов, как исключения из общего правила, за заслуги отцов иногда поступали не только в гардемарины, но и непосредственно в мичмана, что по современным понятиям может быть охарактеризовано как незаконный протекционизм (блат).

При Петре I нередки были случаи отправления гардемаринов для обучения за границу на несколько лет, например, во Францию, Италию, Голландию, Испанию и другие страны. По возвращении гардемарины сдавали соответствующий экзамен для получения офицерского звания.

Принятие решения о переводе гардемарина в офицерское звание осуществлялось специальной Комиссией, члены которой назначались из флотских офицеров, в Санкт-Петербурге – самой Адмиралтейств-коллегией, а в портах – Главным командиром порта. Из портов специальные комиссии направляли в Адмиралтейств-коллегию количество баллов, набранных экзаменуемыми гардемаринами, после чего Коллегия принимала решение. При этом Коллегия следила за тем, чтобы к экзамену в мичмана представляли гардемаринов в порядке их служебного старшинства.

В 1731 году адмирал Сиверс сократил комплектность Академии с 330 единиц до 150, и хотя в 1732 году он был снят со своего поста и комплектность была признана недостаточной, но реальных действий по ее увеличению предпринято не было.

В 1732 году императрица Анна Иоанновна пожаловала для Академии каменный дом князя Алексея Долгорукова на углу набережной Большой Невы и 3-й линии (ныне здесь здание Санкт-Петербургской Академии художеств), так как на старом месте Академии и окружающих участках решили строить Зимний дворец.

Переезд Академии в новое здание состоялся только в 1738 году. Новый дом был теснее предыдущего, и большинство учеников было отправлено для проживания в город. При этом переезд на Васильевский остров вызвал большие неудобства и лишние траты для учеников и гардемаринов Академии. Так, окормлялись, то есть принимали пищу, ученики и гардемарины, не находившиеся в плаваниях и в других портах, в полотняной церкви Св. Николая Чудотворца