Его богословское образование было преимущественно томистским. В основе лежали Summa theologiae Фомы Аквинского и комментарий к Сентенциям Петра Ломбардского. Позже богословие св. Фомы получило всеобщее распространение в ордене иезуитов. Игнатий учился эффективно, и за короткое время он приобрел солидные знания. Чтобы получить титул бакалавра богословия, ему бы потребовалось минимум шесть, а для получения докторского титула – двенадцать лет. Однако вероятно он не собирался так долго учиться. В некоторых местах книги Духовных упражнений можно найти следы влияния его богословских занятий. Сегодня может показаться удивительным, что Игнатий изучал богословие всего полтора года. Однако для того времени это было делом вполне обычным. Для рукоположения в священники никакого академического образования не требовалось.

В Париже в университетских коллегиях была принята относительно прогрессивная модель педагогики, так называемый modus parisiensis, «парижский модус». Ученики распределялись по классам в соответствии с уровнем знаний и могли переходить в следующий класс только после сдачи основательных экзаменов. Единственным языком обучения была латынь. При обучении акцент делался скорее на упражнения, нежели теоретические знания. В схоластических диспутах, то есть дискуссиях, которые проходили в согласии со строгими правилами логики, ученики должны были показать, насколько они усвоили пройденный материал и научились его применять. Ошибки наказывались розгами, а повторные занятия углубляли полученные знания. Modus parisiensis вошел в педагогику позднейших иезуитских коллегий и стал основой современной системы образования.

Насколько Игнатий соприкоснулся с идеями гуманистов и реформации? Еще в Барселоне гуманистические авторы входили в программу чтения при изучении латинского языка. Enchiridion militis christiani («Настольную книгу христианского воина») он прочел самое позднее в Алкале, однако вскоре отложил ее в сторону. Игнатий не испытал глубокого влияния гуманизма. В основном его образование питалось средневековым духом. Определенное влияние гуманизма можно найти в его поздних творениях, прежде всего в письмах и книге Духовных упражнений. Встречался ли Игнатий в коллегии Монтегю с позднейшим главой швейцарской реформации Жаном Кальвином, точно не известно. Последний как раз заканчивал там свое обучение, когда Игнатий поступил в коллегию. Реформаторские идеи обсуждались в то время в Париже, но кажется Игнатий не был напрямую подвержен их влиянию.

Испанский товарищ, который растратил деньги Иниго, уехал некоторое время спустя в Руан. Там он тяжело заболел. Из его письма Игнатий узнал об этом. Он «почувствовал желание пойти навестить его и помочь ему. Он думал также, что в таких обстоятельствах сможет убедить отречься от мира и полностью посвятить себя служению Богу. И, чтобы добиться этого, он пожелал пройти те двадцать восемь лиг[2], что отделяют Париж от Руана, пешком, босиком, и при этом ничего есть и не пить…» (РП 79). После некоторых сомнений он претворил свой план в жизнь и в течение трех дней шел без еды в Руан. Там он утешил больного, помог ему найти корабль, который доставил его в Испанию, снабдив его рекомендательными письмами. Этот факт показывает, что Игнатий мог прощать свои прежние разочарования и был готов помочь даже тому, кто его обманул. Как и прежде вызывает удивление его радикальная аскеза. Посредством строгого и в сущности бессмысленного и опасного для здоровья отказа он пытался сделать добро другому. Частично в нем сохранялась прежняя мораль покаяния и удовлетворения.