Слева направо: мэр Иерусалима Д. Остер, архим. Леонид (Лобачев), посол СССР в Израиле П. И. Ершов, протоиерей Владимир Елховский. Иерусалим 1949 г.

30 ноября 1948 г. Миссия в составе архимандрита Леонида и протоиерея Владимира прибыла в Иерусалим, где их прибытие приветствовал старейший русский житель Иерусалима и член РДМ с дореволюционного периода архимандрит Мелетий.[107] В одном из писем в Московскую Патриархию архимандрит Леонид писал: «Пришли мы сюда как на пожарище, как на бесчестно брошенное кем-то хозяйство и святыню, состояние храмов и строений ужасное. От былого уюта не осталось и следа. В разбитые окна врывается ветер, в коридорах Миссии темно… Первую литургию совершали на праздник Введения во Храм Пресвятой Богородицы в храме св. Мученицы Александры. Здесь также стекла всюду выбиты, окна завешены одеялами и матрацами, холод, везде грязь, на полу осколки штукатурки…». В другом письме архимандрит Леонид также писал: «Всюду следы военных действий. Внутри зданий полнейший беспорядок, здесь помещались солдаты. Многое похищено, остальное поломано, двери выбиты, канцелярский архив разбросан и уничтожен». В главный купол Троицкого собора попало несколько снарядов, и хотя купол не был пробит, крыша была приведена в полную негодность.[108]

По прибытию в Иерусалим, московской миссии в первую очередь поручалось оформление собственности и управление всем русским имуществом на территории государства Израиль. Новый начальник архим. Леонид не очень хорошо разбирался в юридических тонкостях, связанных с оформлением собственности и уделял этому недостаточно внимания. В письме к заместителю председателя ОВЦС протоиерею Г. Разумовскому протоиерей Владимир Елховский писал: «Я думаю, что вместе с храмами должны быть приняты (и оформлены соответствующим актами) все без исключения земли и гражданские постройки, принадлежащие Миссии. Для израильской стороны, как показывают мои наблюдения, этот момент нашей работы является не особенно приятным, и поэтому всякие неожиданные задержки по передаче и оформлению не являются случайными. С израильской стороны это понятно и естественно. Но меня беспокоит отсутствие интереса в этом вопросе отца Леонида. Несколько раз я пытался с ним говорить на эту тему, но ответ всегда был один: “Вы политически отстали, зачем нам эти земли, дома? Все равно здесь будет революция, и все отберут”. Возражений на это он не хочет слышать и раздражается, поэтому я замолчал, но считаю, что в этом вопросе он глубоко неправ».

После того, как весной 1949 г. было подписано арабо-израильское перемирие, на Елеон после «12-месячного заточения в Миссии», прибыл изнеможенный и тяжко больной иеродиакон Мефодий, на которого архимандритом Антонием (Синкевичем) были возложены обязанности хранителя имущества Миссии. В последствии о. Мефодий много рассказывал о своем заточении в Миссии и преступных действиях советских и еврейских представителей.[109] Кроме прочего, о. Мефодий рассказывал, что уже летом 1948 г. в Миссию неоднократно наведывался советский консул Ершов и представитель Еврейского Агентства «Сохнут» Исаак Рабинович, что из Миссии вывозились документы, и как ему удалось спасти самые важные из них (планы, контракты и описи), о том, как о. Мефодий сопротивлялся новым хозяевам Миссии и не хотел отдавать ключи от Миссии.