В январе 1997 г. член фракции КПРФ В. Илюхин предложил добиться отрешения Ельцина по состоянию здоровья, но его инициатива не прошла.

В феврале – апреле КПРФ рассматривала вопрос о возможности вотума. В марте произошли кадровые перестановки в кабинете министров, в него были назначены А.Б. Чубайс, Б.Е. Немцов и др. Коммунисты в Госдуме участвовали в обсуждении проекта обращения о поддержке Всероссийской акции протеста профсоюзов «За труд, заработную плату, социальные гарантии» 27 марта 1997 г.

19—20 апреля собрался IV съезд партии. На нём был избран новый состав ЦК и Центральной контрольно-ревизионной комиссии (ЦКРК) и внесены изменения в Устав и Программу.

Осенью КПРФ, аграрии и «Народовластие» вернулись к теме недоверия Правительству, но сняли свою инициативу после того, как Ельцин согласился создать Круглый стол политических сил и передачу «Парламентский час» на государственном телевидении.

Поражение Г. Зюганова на выборах 1996 г. отчасти компенсировалось успехом в регионах. В 1996–1997 гг. прошли прямые выборы глав субъектов Федерации, на которых в 26 случаях победу одержали члены КПРФ, а также политики, выдвинутые по линии НПСР. Образовался т. н. «красный пояс», в который вошли регионы Центра и Юга России (кроме наиболее развитых в экономическом плане), Южного Урала и Сибири.

23 марта 1998 г. Ельцин отправил Черномырдина в отставку, а затем предложил Думе С.В. Кириенко на пост Председателя Правительства. 23 апреля пленум ЦК потребовал не поддерживать С. Кириенко и добиваться проведения открытого голосования, но часть членов фракции КПРФ проигнорировала данное партийное решение.

В мае фракция КПРФ собрала необходимое число подписей депутатов для запуска процедуры импичмента Президента. В июне была образована специальная комиссия.

23 мая состоялся V (внеочередной) съезд Компартии, требовавший создания правительства профессионалов. В плане внутренней структуры коммунисты не пошли на пересмотр Устава в части допущения фракционности. А. Макашов предлагал образовать «Ленинско-сталинскую платформу в КПРФ». Позднее персональные дела инициаторов создания этой платформы рассматривались ЦКРК, но санкций не последовало.

В августе после дефолта и отставки Кириенко коммунисты противились возвращению Черномырдина на должность премьер-министра. Госдума дважды отвергала данную кандидатуру. Компромиссной фигурой стал Е.М. Примаков. Правительство, целью которого являлось преодоление кризиса, стало коалиционным ввиду вхождения в него представителей левой оппозиции. Первым заместителем Председателя стал Маслюков. Министерство по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства возглавил член фракции КПРФ Г.М. Ходырев. Министрами стали также союзники – В.А. Густов, Г.В. Кулик, В.А. Семёнов.

7 октября КПРФ совместно с профсоюзами провела Всероссийскую стачку с требованием отставки Б. Ельцина.

30 октября прошёл пленум ЦК, принявший решение о самостоятельном участии КПРФ в выборах в Госдуму, а не в составе избирательного блока.

В январе 1999 г. Г. Зюганов озвучил план похода патриотических сил на парламентские выборы несколькими «колоннами», одной из которых должен был стать список кандидатов от Компартии.

23 января пленум ЦК утвердил «Позицию КПРФ по вопросу вывода страны из экономического кризиса».

9 февраля Президиум ЦК одобрил «Позицию КПРФ по вопросу об обеспечении гражданского мира и политической стабильности в стране».

В мае, после решения парламентской комиссии о виновности Президента Б. Ельцина Госдума приступила к рассмотрению пяти пунктов обвинения в отношении него (Беловежские соглашения, расстрел Верховного Совета в 1993 г., война в Чечне, подрыв безопасности и обороноспособности страны, геноцид народа)