Со времени окончания ВМА и до своей смерти Анисимов работал в Обуховской больнице в Петербурге, где он прошел все ступени врачебной деятельности, начав со сверхштатного ординатора и кончив старшим врачом (1907). По совместительству Аниссимов длительное время являлся директором Охтинского детского приюта, с 1901 года – врачом амбулаторной лечебницы при Покровской общине и врачом училищного совета Синода. С 1909 года он оставил за собой только Обуховскую больницу.