Фактическим заложником чехословаков стал Верховный правитель России адмирал Колчак, эвакуировавшийся из Омска вместе со своим Генштабом, канцелярией и золотым запасом России 12 ноября 1919 г., буквально за два дня до сдачи города наступающей Красной армии. Уже в Ново-Николаевске поезда Колчака упёрлись в эшелоны чехов и когда адмирал потребовал пропустить его вперёд, он получил отказ, в связи с чем ему пришлось задержаться здесь на две недели, до 4 декабря.

12 декабря в Красноярске Колчаку из восьми эшелонов оставили лишь три, которые продвигались на восток с большими остановками, а в Нижнеудинске, куда он добрался 27 декабря, его поезд задержали ещё почти на две недели.

22 декабря 1919 г. в Иркутске началось восстание сибирских эсеров («автономистов»), к которым присоединился ряд колчаковских частей. Новая власть была названа Политцентром. Его руководители хотели создать в Сибири независимое от большевистской Москвы государство. После боев с колчаковскими частями к утру 5 января 1920 г. весь Иркутск оказался во власти Политцентра.

Поскольку ещё 25 декабря 1919 г. генерал-лейтенант Семёнов (недавно произведенный Колчаком) запретил пропускать по Транссибу на Восток любые поезда, чехословаки стали пробиваться с боями. 9 января на станции Подорвиха чешский бронепоезд «Орлик» (бывший бронепоезд русской армии «Хунгуз», построенный в Киеве в 1916 г.) подбил два бронепоезда Семёнова. На станции Байкал чехословаки с боем разоружили семёновский гарнизон и взяли в плен генерала Л.И. Скипетрова. При помощи американского полка чехословаки разоружили семёновские части на станциях Мартуй, Слюдянка и Кутупин.

3 января 1920 г. Совет министров направил телеграмму в Нижнеудинск, в которой Колчаку было предложено отказаться от звания «Верховного правителя» в пользу Деникина. Одновременно союзники сообщили Колчаку, что лично он может быть вывезен из Нижнеудинска под охраной чехов только в одном вагоне, без собственного конвоя. В тот же день золотой запас был передан под чешскую охрану. Через несколько дней вагон Колчака, расцвеченный союзными флагами, прицепили к хвосту эшелона одного из чешских полков. Остатки личного конвоя Колчака сменили чехи.

Тем временем Иркутский большевистский губком, вышедший из подполья, потребовал от «Политцентра» предъявить союзному командованию требования о выдаче Колчака, председателя Совета министров Пепеляева и золотого запаса, угрожая в противном случае взорвать кругобайкальские железнодорожные туннели. «Политцентр» уступил реальной силе и принял это требование.

Союзное командование также вынуждено было согласиться. Этим обеспечивался отход своим частям, а выдачей Колчака укреплялись позиции эсеровского «Политцентра». В итоге 15 января, по прибытии в Иркутск, Колчак и Пепеляев были переданы представителям «Политцентра» и помещены под стражу. К этому времени политическая ситуация в Иркутске уже существенно изменилась в пользу большевиков. 21 января «Политцентр» передал власть в городе, а с ней и арестованного адмирала, большевистскому Иркутскому военно-революционному комитету (ВРК). 7 февраля 1920 г. Колчак и Пепеляев по постановлению Иркутского ВРК были расстреляны.

В тот же день на станции Куйтун (в 310 км северо-западнее Иркутска) было подписано соглашение о перемирии между командованием Красной армии и Чехословацкой армии в России, гарантирующее легионерам отход на Дальний Восток и эвакуацию. В отношении российского золотого запаса было условлено, что он будет передан советской стороне после отъезда из Иркутска на восток последнего чехословацкого эшелона. До этой даты действовало перемирие, производился обмен пленными, загружался уголь в локомотивы, составлялись и согласовывались списки русских и чехословацких уполномоченных для сопровождения эшелонов. Передача советским властям эшелона с частью золотого запаса состоялась 1 марта. В ночь с 1 на 2 марта Иркутск покинули последние чешские эшелоны и в город вступили регулярные части Красной армии.