12 ноября Святейший Синод назначил иеромонаха Фаддея преподавателем философских предметов в Смоленскую духовную семинарию. Ему тогда было обещано, что пребывание его в Смоленске будет недолгим.
13 марта 1898 года инспектор Московской духовной академии, при котором иеромонах Фаддей начал работать над магистерской диссертацией, архимандрит Арсений (Стадницкий)6, был назначен ректором академии, и иеромонах Фаддей, поздравив его со вступлением в новую должность, которую он назвал «трудовой», написал ему в день Пасхи 3 апреля: «Встретили Светлый праздник и мы, обитающие в Смоленске. Мне казалось, что, бывало, в академии у нас лучше как-то служили в этот день. Здесь окончили без четверти три и утреню, и литургию. Песни канона не только не повторяли, но даже спели не сполна (если, например, три тропаря, то один выпускали); большею же частью кадили. Вина подобной неполноты торжественнейшего из богослужений вообще в немощности смоленского народа: все говорят здесь, что нельзя здесь подолгу служить, не привыкли, как в лавре и в скиту. <…> Предметы, на которые меня назначили, вообще мне не противны, так как естественная мудрость не только прежде привлекала меня, но и теперь не стала мне чуждой. Правда немало в них и сухих вещей, особенно в формальной логике или в методике, но, должно быть, без формального развития не обойтись желающему сознательно и отчетливо мыслить или преподавать. Все-таки предо мною не машины, а живые люди: а при этом условии даже преподавание формальных отвлеченностей может заключать в себе некоторое разнообразие.
С семинаристами более или менее познакомился, с предметами своими, конечно, очень мало: множество непосредственных учебных обязанностей (например, познакомиться с содержанием урока, – не просто понять, но и рассказать, чтобы быть в состоянии; затем сочинения, не любящие отлагательства, и другое) не дает возможности. Занятия по дидактике были не просто теоретическими, но главным образом практическими – состояли в разборе даваемых воспитанниками 6-го (а в Великом посту и 5-го) класса пробных уроков; конечно, при этом сообщались или учителем школы, или изредка мною (потому что мне приличнее соблюдать молчание ради незнания и неопытности) некоторые методические указания.
Живу я (как, быть может, Вы уже слышали) при архиерейском доме – по близости к епископу; почти каждый праздник назначают меня служить с преосвященным Никанором [(Каменским)]. Тяготею я и к семинарской церкви, но лучше для меня избирать путь повиновения, ибо в собственных избраниях нередко приходится раскаиваться, а относительно поручений – разве жалеть как о не зависящих от собственных желаний и избраний. <…> Ничего не знаю об оставленном у Вас (в академии) своем сочинении: вероятным представляется, что о нем так же не заботятся, как и я о нем теперь. У кого оно теперь? <…> Бывает, впрочем, что человек спит, посеянное же им – как не знает он – возрастает. Такова, быть может, и судьба будет моего сочинения».
Обычно он писал архимандриту, а затем епископу Волоколамскому Арсению два раза в год – на Рождество и на Пасху, одновременно и поздравляя его с этими великими праздниками, и описывая обстоятельства своей жизни на данный момент. Однако неопределенность дальнейшей судьбы, а также предстоящая защита диссертации, время которой всё еще не было назначено, подтолкнули иеромонаха Фаддея написать ректору академии раньше. Описывая обстоятельства своей жизни и сомнения, стоит ли ему стремиться к преподавательской деятельности в академии, притом что он весьма критично оценивает свои способности относительно занятия наукой, имея, впрочем, в своем сознании тот высокий идеал, какому только и должна соответствовать научная деятельность, иеромонах Фаддей писал на Вознесение 14 мая: «Прежде всего здесь я сделался совершенно провинциальным обитателем и считаю вообще это свое положение вполне естественным, а потому мечтать о водворении в академии у меня не было поводов.