Занятия, проведенные иеромонахом Фаддеем, оказали большое влияние на слушателей курсов; при их закрытии один из курсистов, обращаясь к нему, сказал: «Примите нашу посильную благодарность за то светлое нравственное влияние, которое Вы оказывали на всех нас во время пребывания нашего на курсах через Ваши полные христианской любви и правды поучения в храме, через Ваши чтения по общей дидактике, осветившие нам много в нашей учительской деятельности и научившие нас любить Христа и Его Святую Церковь, через Ваши образцовые уроки по славянскому языку, показавшие нам, как нужно вести преподавание последнего, чтобы оно оказывало действительно благотворное влияние на детскую душу, а не ограничивалось лишь механическою стороною дела, как это ведется в некоторых школах; наконец, через Ваше сердечное, простое обращение с нами, позволявшее нам откровенно беседовать с Вами и пользоваться Вашими добрыми советами.

Спасибо Вам и за драгоценный подарок – общую дидактику, составленную Вами для учителей церковно-приходских школ, которой мы и будем руководствоваться в нашей педагогической деятельности».

В Уфе иеромонах Фаддей закончил работу над диссертацией «Единство книги пророка Исаии», за которую ему была впоследствии присвоена степень магистра богословия и дана премия. Рецензенты писали о ней как об исследовании, отличавшемся обстоятельностью и полнотой, составившем ценный вклад в русскую богословскую науку. Для того чтобы состоялась защита диссертации, ее текст нужно было отдать в типографию для напечатания, а для этого требовалось около 500 рублей, что значительно превышало имеющиеся у иеромонаха Фаддея средства, и ему пришлось занять недостающую сумму у сослуживцев. По существовавшим на тот момент правилам, академия могла выдать готовившимся к защите денежное пособие, если они обратились за ним в период, не превышающий двух лет со дня подачи документов на соискание научной степени. Иеромонах Фаддей написал ректору академии епископу Арсению, чтобы тот походатайствовал о выдаче такого пособия. Епископ откликнулся на просьбу, и иеромонаху Фаддею были присланы из академии 347 рублей.

«Весьма благодарю Ваше Преосвященство за содействие в оказании мне этой денежной помощи. Она освободит меня от многих долгов, в которые пришлось впасть мне, благодаря печатанию сочинения, – писал он епископу Арсению. – Приехав в Уфу после магистерского коллоквиума, я по-прежнему принялся с ревностью за свое богословие. Хотя вообще мне приходится готовиться, и остается пока время для постороннего чтения, но зато присоединились трудности другого рода – нынешний год труднее заинтересовать воспитанников после того, как они в прошлом году уже испытали сладость и горечь моих речей. Шестой класс ленивее сделался, чем он был в прошлом году. Вообще же своим положением доволен и всецело занят своим здешним делом, которого весьма много».

27 августа 1901 года под председательством ректора Московской духовной академии епископа Волоколамского Арсения состоялось заседание Совета академии, посвященное защите диссертации иеромонаха Фаддея «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия. Официальными оппонентами выступили экстраординарные профессора академии – по кафедре пастырского богословия и педагогики Александр Павлович Шостьин и по кафедре Священного Писания Ветхого Завета Василий Никанорович Мышцын.

Профессор Шостьин писал о работе иеромонаха Фаддея: «Печать серьезного и добросовестного изучения предмета лежит на всем труде отца Фаддея. Очень внимательно и всесторонне исследована самая книга Исаии, что особенно ценно; почти также тщательно изучена и обширная немецкая литература (не говорим о русской) по избранному вопросу. Язык отличается точностью и ясностью. Даже и в полемических частях он дышит тоном спокойствия и ученого беспристрастия». Совет академии единогласно признал эту работу заслуживающей присвоения ученой степени. 19 октября Святейший Синод утвердил иеромонаха Фаддея в степени магистра богословия.