Теоретическая база его исследования не исчерпывалась биогенетической теорией, с которой он на страницах книги постоянно вступает в полемику, рамки ее оказываются для него тесными. Методология исследования А.В. Бакушинского по существу носит междисциплинарный характер.

Искусствоведческие исследования проводились им в 1920-е гг. параллельно с психолого-педагогическими и исходили из общих методологических оснований. Об этом свидетельствует сопоставление уже названной теоретической работы «Линейная перспектива в искусстве и зрительном восприятии реального пространства» и книги «Художественное творчество и воспитание. Опыт исследования на материале пространственных искусств», которая была частично издана в 1922 г. В названиях книг не упоминается «детское творчество». И это неслучайно. А.В. Бакушинский обращается к его изучению с целью понимания формообразования в искусстве, а также процессов, происходящих в современном искусстве. Реалистическое (он часто употребляет термин «иллюзорное») искусство вытеснялось искусством беспредметным, «нефигуративным», «абстрактным». Целесообразность длительного развития искусства от «примитивного» к «иллюзорному», собственно изобразительному и реалистическому, в основу которого была положена линейная перспектива, подвергалась сомнению.

Представляется, что А.В.Бакушинский исследовал художественное творчество детей «на материале пространственных искусств» для того, чтобы понять историю развития искусства, а историю пространственных искусств Востока и Запада изучал для того, чтобы понять эволюцию мировосприятия человека периода взросления. Стараясь угадать, каким будет искусство ближайшего будущего, он писал: «Новое мировоззрение должно быть синтетическим, сохранив личность и всю сферу ее художественного выражения как драгоценное наследие культуры Запада и восстановив ее крепкую органическую связь с общим, сверхличным как последним источником всяких норм, конечно, и художественных…». (Линейная перспектива в искусстве и зрительном восприятии реального пространства. Цит. по: Бакушинский А.В. Исследования и статьи. – М.: Сов. художник, 1981. – С. 47.)

На страницах книги раскрывается смятение многих художников и искусствоведов того времени, ищущих ответа на животрепещущие вопросы в детском творчестве: «… Наше искусство, как и всю нашу культуру, терзает великая раздвоенность. Примирения ее еще не видно. В связи с этой внутренней борьбой и ее противоречиями современный художник склонен, приникая к детской душе, искать в ней, в ее целостном облике смутных возможностей собственного творческого обновления».

В процессе исследования А.В. Бакушинский «перерос» рамки выдвинутой гипотезы благодаря избранной им методике исследования, основу которой составлял «метод объективного наблюдения и толкования сбивчивых признаков внешнего выражения».

В силу масштабности замысла исследование проводилось коллективом исполнителей, которых он считал своими учениками. Автор не раз ссылается на опыт «своей школы» или художников, работающих с детьми и подростками под его руководством. К «своей школе» он относил участников исследований в Государственной Академии художественных наук (ГАХН) – Н.П.Сакулину, Ю.А.Александрову, Е.А.Флерину, Г.И.Журину, М.Н. Райхинштейна, Л.В. Славянскую, А.М. и В.М.Лесюк. В книге он анализирует опыт Г.В. Лабунской, В.Е. Пестель, В.Ф. Шехтель, Н.Н. Купреянова и других художников-педагогов, которые проводили эксперимент в школах под его руководством на протяжении 1921–1929 гг., т. е. до закрытия ГАХН.

Итак, методами исследования явились наблюдение процесса и толкование результата – продуктов детского творчества.