Вскоре Буш обнаружил, что институт имеет серьёзные финансовые трудности, и вынужден был попросить Корпорацию Карнеги о дополнительном финансировании.

Буш хотел, чтобы институт фокусировался на точных науках.

Он фактически уничтожил археологическую программу института, отбросив это направление в США на много лет назад.

Он не видел большого смысла в гуманитарных и социальных науках, и урезал финансирование журнала «Айсис» (Isis), который был посвящён истории науки и техники и их культурному влиянию.

Позднее Буш объяснял: «у меня были большие сомнения по поводу этих занятий, где кто-то идёт и берёт интервью у кучки людей, читает много всяких вещей, пишет книгу, а затем ставит её на полку, и никто никогда её не прочитает»

Национальный консультативный комитет по воздухоплаванию

23 августа 1938 года Буш был назначен на должность в Национальный консультативный комитет по воздухоплаванию (НАКА), предшественник НАСА.

Его председатель, Джозеф С. Эймс, заболел, и Буш, как его заместитель, вскоре был вынужден исполнять его обязанности.

В декабре 1938 года НАКА попросил 11 млн долларов для создания новой исследовательской лаборатории по аэронавтике в Саннивейл (Калифорния), призванной помочь существующей Воздухоплавательной лаборатории им. Лэнгли (Langley Memorial Aeronautical Laboratory).

Место было выбрано с учётом близости к некоторым крупнейшим авиационным корпорациям.

Решение было поддержано генерал-майором Генри Х. Арнолдом, руководителем Воздушного корпуса Армии США, и контр-адмиралом Артуром Б. Куком, главой Управления аэронавтики ВМФ США, которые планировали потратить в предстоящий год 225 млн на создание нового воздушного судна.

Конгресс США, однако, не был убеждён в значимости этого проекта, и 5 апреля 1939 года Бушу пришлось предстать перед Комитетом по ассигнованиям Сената США.

Для Вэнивара это был разочаровывающий опыт, так как до этого он ни разу не выступал перед Конгрессом, и ему не удалось склонить сенаторов к своей точке зрения.

Потребовалось дополнительное лоббирование, перед тем как финансирование новой лаборатории, известной сейчас как Исследовательский центр Эймса, было окончательно одобрено.

К тому времени в Европе вовсю разразилась война, и неполноценность американских авиационных двигателей стала очевидной, поэтому НАКА попросила о финансировании третьего центра в Огайо (сейчас – Исследовательского центра Гленна, Glenn Research Center). После выхода Эймса на пенсию в 1939 году Буш стал председателем НАКА, а Джордж Дж. Мид (George J. Mead) – его заместителем.

На этой позиции Вэнивар оставался до ноября 1948 года.

Национальный исследовательский комитет по вопросам обороны

Ещё во время Первой мировой войны Вэнивар Буш ощутил проблемы взаимодействия армии и гражданских учёных. Беспокоясь из-за несогласованности научных исследований и требований оборонной мобилизации, Буш, посоветовавшись с коллегами, предложил создать генеральное руководящее агентство в федеральном правительстве.

Он поручил секретарю НАКА подготовить для представления Конгрессу США проект Национального исследовательского комитета по вопросам обороны (National Defense Research Committee, NDRC), но после вторжения Германии на территорию Франции в мае 1940 года Буш решил, что скорость имеет критическое значение в этом вопросе и попытался встретиться с президентом Франклином Д. Рузвельтом лично.

Посредством дяди Рузвельта, Фредерика Делано, Буш смог добиться аудиенции у президента 12 июня 1940 года, на которую он взял единственный листок бумаги с описанием проекта. По истечении 15 минут Рузвельт одобрил предложение, написав на листке «OK – FDR»