В 1850 году иеромонах Савва окончил академию со степенью магистра богословия и был назначен митрополитом Филаретом (Дроздовым) Синодальным ризничим. Теперь иеромонах Савва большую часть времени посвящает церковной археологии. Он занимается описанием более примечательных предметов ризницы и библиотеки, и в 1855 году явился составленный им «Указатель для обозрения Московской Синодальной (патриаршей) ризницы». Этот труд принадлежал к числу замечательных явлений ученой литературы по церковной археологии и палеографии и удостоен был Демидовской премии. Служение в должности ризничего позволило ему познакомиться со многими учеными, как русскими, так и иностранными. Среди них С.М. Соловьев, О.М. Бодянский, С.П. Шевырев, Ф.И. Буслаев. С этого времени началось близкое знакомство отца Саввы с отцом Леонидом (Краснопевковым), переросшее в искреннюю дружбу. В письмах отец Савва советовался с отцом Леонидом по самым разным вопросам, будь то обсуждение в обществе смерти великого русского писателя Н.В. Гоголя или сохранение монашеского звания в чистоте от окружающего мира. 1 октября 1852 года отец Леонид писал отцу Савве: «В послании Вашем спрашиваете моего мнения в прогулке на выставку. Скажу не обинуясь: и в церковь иду с предосуждением для себя, если хочу сделать во храме Божием выставку из себя, но и с выставки в манеже могу возвратиться без всякого предосуждения, если мое монашество ходило туда со мною. Мы монахи, но по положению своему не пустынники; нам невозможно и даже не должно вовсе бегать от столкновений с миром, но должно соблюдать себя неоскверненными от мира. Урок наш труден; но кто знает, был ли бы другой легче для нас. Вот мое искреннее мнение, по Вашему требованию высказанное: судите, не осуждайте. Христос посреди нас ныне и вовеки».

15 мая 1855 года отец Савва был возведен в сан архимандрита – звание, которого не имел ни один из прежде бывших ризничих. По свидетельству архимандрита Леонида (Краснопевкова), архимандрита Савву отличала «готовность всякому служить своими знаниями, своим временем, своими учеными связями, делала библиотеку и ризницу общедоступной сокровищницею старины; а лицо Синодального ризничего поставляли в общем мнении так высоко, как оно никогда не возвышалось. И русские не могли довольно похвалиться им, и ученые иностранцы, особенно которые могли говорить с ним по-латыни, делали о нем великолепные отзывы».

Добросовестное исполнение своих обязанностей помешало отцу Савве стать ректором Вифанской духовной семинарии. Когда митрополит Филарет решил определить его на эту должность, известный писатель и историк А.Н. Муравьев возразил владыке: «Архимандрит Савва – ризничий примерный, а ректор будет, может быть, посредственный; на ректорскую должность Вы можете найти способного человека; а где Вы можете взять такого человека на должность ризничего?» Митрополит изменил свое намерение, и ректором был определен архимандрит Игнатий (Рождественский). После этого случая архимандрит Савва еще около двух лет оставался в должности ризничего.

18 мая 1859 года архимандрит Савва был назначен ректором Московской духовной семинарии. «Не без смущения и трепета сердечного вступаю в новую должность. Всего более страшит меня мысль, оправдаю ли ту лестную и утешительную для меня доверенность, какую Вы благоволили оказать мне. Свидетельствуюсь моей совестью, что ревность и готовность к полезной деятельности имею; но успеха в делах ожидаю от помощи Божией и от Вашего архипастырского руководства», – писал он митрополиту Филарету.

«Иным казалось, что, уклонившись в специальность археологии, – писал епископ Леонид (Краснопевков), – он не подымет бремени ректорства; оказалось противное. Умом просвещенным, характером открытым и твердым, без жестокости, он совершенно овладел своей должностью. Он был тяжел только для врагов порядка. В семинарии завелись было преподаватели с либеральными тенденциями – он смело ограничил их; был, конечно, непопулярен в семинарии, но поддержал порядок».