Отсутствие открытых заявлений в поддержку Стюартов на протяжении первых трех четвертей семнадцатого века вряд ли может служить доказательством политической апатии, безразличия или нейтральности масонства. До начала гражданской войны в таких заявлениях не было необходимости: положение Стюартов на английском троне казалось незыблемым, а верность династии была такой очевидной и воспринимаемой как должное, что не требовала открытого выражения. Во времена протектората любое проявление лояльности к Стюартам было чрезвычайно опасным. Определенные люди могли, конечно, заявлять о своей приверженности монархии, если они не выступали против власти парламента или режима Кромвеля. Однако маловероятно, что Кромвель разрешил бы наполовину тайной сети лож распространять политические взгляды, которые он считал вредными. Масонство и так уже попало под подозрение из-за своего свободомыслия, толерантности и эклектичности, что являло собой разительный контраст с суровым пуританским правительством. Объявить о своей верности Стюартам в этих условиях было бы самоубийством, а отдельные масоны уже привлекли к себе внимание печально известных следователей, которые занимались обвинениями в колдовстве. Поэтому масонство – в той степени, в которой его деятельность вообще можно проследить в эпоху Протектората – старательно и даже упорно отказывалось связывать себя какими бы то ни было политическими обязательствами.

Короче говоря, во времена гражданской войны и Протектората масоны никогда не отрекались от своей верности Стюартам. Они просто хранили благоразумное молчание. За этим молчанием скрывались старинные привязанности, не претерпевшие никаких изменений. Вряд ли можно считать совпадением, что в 1660 году, после того как монархия была восстановлена и трон занял Карл II, масонство – как само по себе, так и через Королевское общество – заняло подобающее ему место.

На фоне этих событий произошло еще одно событие, которое масоны считают одним из поворотных пунктов в своей истории. Это первое документально подтвержденное посвящение в масоны на английской земле. 20 мая 1641 года сэр Роберт Морей в Ньюкасле или его окрестностях был принят в старинную ложу Эдинбурга. Принятие Морея в ложу предполагает, разумеется, что сама ложа и некая система лож в то время уже существовала и была действующей. Именно так обстояли дела в ту эпоху. Генерал Александр Гамильтон, присутствовавший на церемонии посвящения Морея, сам был посвящен в масоны за год до этого. Тем не менее многие комментаторы последующих эпох называют Морея «первым полноценным масоном». Даже если это не соответствует действительности, его посвящение оказалось достаточно важным событием, чтобы привлечь к себе внимание ученых и вывести масонство из тени на свет, который постепенно становился все более ярким.

Вскоре после Реставрации брат Морея сэр Уильям Морей Дрегхорн стал «управляющим работами», то есть мастером «практикующих» каменщиков при дворе нового короля. Сам Морей вернулся в Лондон и занимал разные должности в суде, хотя сам никогда не был судьей. В 1661 году он стал лордом-казначеем Шотландии.

На протяжении следующих семи лет он, король и герцог Лодердейл управляли Шотландией по собственному усмотрению, хотя Морей также поддерживал тесные отношения с шотландской ветвью семьи Гамильтон. До самой смерти он оставался одним из самых близких советников короля. «Карл всецело доверял ему, и его советы всегда призывали к благоразумию и умеренности». Король нередко наносил частные визиты в его лабораторию в Уайтхолле и отзывался о нем как о «главе своей собственной церкви». Среди его коллег были такие люди, как Эвелин, Гюйгенс и Пепис, и все отзывались о нем только в превосходной степени. По утверждению энциклопедии, «его бескорыстие и возвышенность его целей признавались всеми. Он был лишен честолюбия и сам признавался, что не любил публичных мероприятий».