К началу XX века в казачьих войсках окончательно сложилась довольно стройная структура органов высшего управления и местного самоуправления. Высшим должностным лицом в каждом казачьем войске являлся назначаемый императором войсковой наказной атаман. (В казачьих войсках востока страны просто наказной атаман.) В его руках находилась высшая военная и гражданская власть на территории войска. В тех казачьих войсках, территории которых не составляли отдельных самостоятельных административно-территориальных единиц и располагались в пределах различных губерний и областей, что было характерно для Оренбургского, Астраханского, Уральского, Забайкальского, Семиреченского, Амурского и Уссурийского войск, посты наказных атаманов занимали по совместительству местные губернаторы или генерал-губернаторы (если территория конкретного казачьего войска входила в состав генерал-губернаторства) либо командующие соответствующими военными округами, как это было в Сибирском войске. Иногда следствием существования столь сложной, зачастую своеобразной «многослойной» системы управления являлось положение, при котором одно и то же лицо сосредотачивало в своих руках одновременно несколько высших административных и военных должностей. Например, командующий Омским военным округом одновременно являлся наказным атаманом Сибирского казачьего войска, а позже, за несколько лет до Февральской революции, и генерал-губернатором Степного края, в который входили Акмолинская и Семипалатинская области. Такое положение дел, естественно, осложняло осуществление управленческих функций высшим должностным лицом войска и сказывалось на их эффективности.

Донской, кубанский и терский войсковые наказные атаманы, хотя и осуществляли властные полномочия только в пределах своих казачьих областей, обладали правами губернаторов по гражданской части и генерал-губернаторов – по военной. Атаманы возглавляли высший орган управления в войсках – войсковые (областные, хозяйственные) правления (управления, управы). Они также назначали атаманов отделов (округов) и утверждали персональный состав отдельских (окружных) управлений.

Местные органы казачьего самоуправления были представлены сходами (съездами) казачьего населения той или иной станицы, которые фактически выполняли функции официально ликвидированных местных станичных кругов. На них казаками самостоятельно, без вмешательства вышестоящих органов казачьей войсковой и отдельской (окружной) администрации, избирались станичный атаман, станичные судьи и члены станичного правления.

Система высшего управления и местного самоуправления в каждом из казачьих войск прошла довольно непростую внутреннюю эволюцию, особенно активную на всем протяжении XIX века и окончательно оформившуюся в самом его конце. Система просуществовала вплоть до революции 1917 года.

К началу XX столетия окончательно оформившаяся система управления в Донском казачьем войске представляла собой стройную и довольно эффективную структуру. Во главе ее находился войсковой наказной атаман, обладавший большими правами генерал-губернатора по гражданской части и командующего войсками округа по военной. Он возглавлял военное управление, в которое входили Войсковой штаб, управление Донской казачьей артиллерии и гражданское областное управление Войска Донского. Войсковой наказной атаман назначал окружных атаманов семи округов (Черкасского, 1-го Донского, 2-го Донского, Усть-Медведицкого, Хоперского, Донецкого, Сальского), а также окружных начальников по гражданской части и окружных воинских начальников, имевших права уездных воинских начальников, по военной части Ростовского и Таганрогского округов [43]