Требования ученых бунтарей не были выполнены и они подали в отставку. Отставка Грановского не была принята, так как он еще не выслужил 12-летнего срока после заграничной командировки. Но за ним по предписанию московского генерал-губернатора Закревского был учрежден „строжайший секретный надзор”.

3 ноября 1847 попечитель Московского университета Строганов подал в отставку из-за обострившегося конфликта с министром народного просвещения Уваровым. После увольнения графа, он был избран почетным членом университета. В знак „прощания” Строганову был поднесен адрес с подписями профессоров и около 200 студентов.

Весной 1848 г. в связи с революциями в Европе министр просвещения издает циркулярное предписание о приостановлении отпусков и командировок „в чужие края по настоящим заграничным обстоятельствам”.Следующей весной выходит распоряжение императора Николая I, ограничивающее число студентов в университетах, в связи с чем временно прием студентов прекращался. В университете вводится „военная дисциплина”, согласно которой студентам запрещается читать газеты, ходить в кондитерские, нарушать форму одежды.

Через год выходит указ императора „О порядке избрания ректоров и деканов в университеты”. Согласно ему должность ректора перестает быть выборной и совмещаться с должностью профессора. Ректор назначается министром и утверждается императором на неопределенный срок. Выборность деканов сохраняется формально, так как министр получал право назначения деканов и увольнения их до истечения срока полномочий. Попечителем университета назначен генерал-майор Назимов – сторонник „палочной” дисциплины. „Приходил Назимов на лекции, в коих мало понимал, но считал нужным сказать несколько слов о величии и славе России. Пришедши на лекцию профессора римского права Н.И.Крылова, Назимов собрался сказать, что Римская империя по значению и величию своему была почти равна Российской, и на вопрос попечителя, что он читает, Крылов ответил: «О преторском интердикте». Ответ, который поставил Назимова в невозможность что-либо сказать, так как он и не понял даже ответа Крылова…”

Выходит распоряжение Николая I „О принятии мер, чтобы исключаемые из университета студенты не оставались на месте жительства в том же городе”.

Летом 1853 г. начинается Крымская война. Студенты университета находятся в действующей армии.

Через два года 12 мая 1855 г. университет отмечает столетие основания. Профессор Шевырев произнес речь „Обозрение столетнего существования Московского университета”: „Нам пришла пора, как в оныя времена священной брани, изготовляться на все возможные жертвы, каких бы от нас не потребовали Государь и Отечество. А на старейшем из Университетов Русских лежит святая обязанность, и мыслью, и словом, вызывать все духовные, и умственные и нравственные силы наши, на утверждение народных начал нашей жизни, на защиту и спасение нашего Отечества. Денно и нощно наука пускай работает над познанием России и огромных ее сил природы телесной и духовной. Некогда грозило нам варварство от Татар и востока: теперь оно грозит нам от запада. За мир, за добро и любовь к просвещению нам платят войною, злом и угрозами отодвинуть нас в тьму невежства на целое столетие. Не бывать тому. Брани от запада были всегда нам полезны тем, что призывали нас к народному самопознанию. Завистники сил наших думают принести нам вред своею враждою: нет, они принесут нам пользу, заставив нас сосредоточиться более всего в самих себе, узнавать и разработывать силы нашей земли, нашего неизмеримого Отечества. Задача Русских Университетов в этом деле есть задача великая, святая, не истощимая…”