В состав 4-го управления и отделов входили специальные подразделения, из которых формировались отряды и группы для выполнения боевых задач в тылу врага. Часто на базе этих отрядов и групп формировались партизанские отряды, их бойцы становились «ядром» партизанского отряда, оставаясь в штате подразделений ОМСБОН. Это и позволяет «очернителям» партизанского движения в наше время говорить, что партизанские отряды не были народными, а представляли собой специальные подразделения НКВД, что не соответствует в полной мере действительности. Таким образом, можно говорить о диалектическом единстве и в то же время организационном противоречии между партизанскими отрядами и специальными подразделениями НКВД.

Получив указания Берии (17 или 18 июня 1941 года) об организации разведывательно-диверсионного аппарата на случай начала войны, я столкнулся с исключительно сложным вопросом: каким образом самостоятельная служба диверсий и разведки будет действовать в прифронтовой полосе и ближайших тылах противника во взаимодействии с военной контрразведкой? Ведь в прифронтовой полосе именно она олицетворяла действия органов госбезопасности.

Как известно, в феврале 1941 года особые отделы, военная контрразведка были переданы в оперативное подчинение Наркомата обороны. Встал вопрос: кому непосредственно должна быть подчинена военная контрразведка – военному руководству или наркому госбезопасности? Четко отработанного механизма двойного подчинения не было. Военная же контрразведка не может работать эффективно, не опираясь на общие директивы по обеспечению госбезопасности в вооруженных силах.

Накануне войны был создан так называемый межведомственный совет НКВД – НКГБ и Наркомата обороны по координации работы военной контрразведки.

20 июня 1941 года, когда стало совершенно очевидно, что от начала войны нас отделяют считанные дни, я получил задание создать специальную группу, которая, будучи задействованной в разведывательно-диверсионных операциях, имела бы возможность самостоятельно осуществлять диверсионные акции в ближайших тылах противника. Разработкой этого задания мы занялись вместе с Эйтингоном и Мельниковым. Сразу же возник вопрос: как создаваемый аппарат должен взаимодействовать с остальными оперативными подразделениями? Ведь Берия, возглавляя НКВД, не являлся наркомом государственной безопасности, а указание о создании аппарата он давал как заместитель председателя Совета Народных Комиссаров, то есть заместитель руководителя правительства. Имелось в виду, что опираться этот специальный аппарат должен как на НКГБ, так и на НКВД, поскольку именно в его прямом подчинении находились пограничные и внутренние войска, то есть основные воинские части, которые предполагалось задействовать в диверсионных операциях.

Война продиктовала очередной поворот в реорганизации органов безопасности и внутренних дел. Военная контрразведка вернулась в аппарат НКВД, было восстановлено управление особых отделов и фактически слиты аппараты НКВД и НКГБ в расширенный Наркомат внутренних дел. В условиях начавшихся военных действий, наших неудач на фронте такая централизация функций по обеспечению госбезопасности страны и охраны общественного порядка была оправданной.

За день до начала войны на меня и небольшой аппарат группы в составе Н. Эйтингона, Н. Мельникова, В. Дроздова, А. Камаевой и А. Кочергиной легли нелегкие задачи, связанные с передачей в наше распоряжение агентуры других оперативных служб НКВД для использования их против немецких спецслужб. Эту агентуру надо было срочно изучить на предмет ее пригодности к действиям в условиях военного времени, поэтому и встал вопрос о перепроверке агентурных возможностей НКВД в целом. Я начал активно взаимодействовать с Контрразведывательным управлением П. Федотова, Транспортным управлением С. Мильштейна и Секретно-политическим управлением, которое возглавлял Н. Горлинский. Речь шла и о том, чтобы в дополнение к имеющейся у нас агентуре добавить и ту, которая находилась на приграничных территориях, для чего нашему разведывательно-диверсионному аппарату необходимо было наладить прямую связь с их территориальными органами и центральным аппаратом контрразведки.