Существующая на сегодняшний день научная система базируется на критическом осмыслении философской, то есть специфической, предметно-понятийной сферы деятельности врача, охватывающей все процессы течения и исцеления болезни. Философская методология в медицинском познании исполняет важную роль в процессе исследовательской работы и имеет исключительно практическое значение. Ведь она изучает не знание и истину как таковая, а приёмы их получения. Философская методология медицины призвана выполнять несколько функций: эвристическую, координирующую и интегрирующую. Она стимулирует процесс медицинских знаний, провозглашая основой любого исследования диалектический метод познания. Философски-диалектический метод, применяемый в единстве с формально-логическим, обеспечивает приращение новых знаний в собственно медицинской сфере познания. Это приращение происходит в особой систематизированной форме. Идея системности знаний является исходным философским элементом научности во всём естествознании и медицине, в частности. Таким образом, системность в методологи медицинского познания предстаёт сегодня как органическое соединение основополагающих принципов, позволяющих понять законы функционирования живого организма. Системный, структурно-функциональный, вероятностный и многие другие подходы в познании предполагают использование общелогических методов: анализа, синтеза, индукции, дедукции, аналогии и других. Сюда же входят эмпирические и теоретические средства и приёмы, характерные для медицинской науки, которые могут быть использованы ею для познания живого и вообще и человека в частности.

Философское исследование медицинского познания, его механизмов и процессов в той мере, в какой они являются элементами практической медицины и реализуются её средствами и методами, выступает как способ самосознания медицины. Речь идёт о методологическом исследовании самой медицины. Методология сегодня включает в себя определенным образом философски переосмысленные и научно уточненные результаты анализа медицинских данных о многих массовых заболеваниях. Значение медицинского познания конкретных фактов в жизнедеятельности людей, влияющих на их физическое и психическое здоровье, поистине велико. Любые позитивные моменты управления общественным здравоохранением, эффективные средства и методы лечения людей должны тщательно изучаться и философски осмысливаться всеми медиками с целью активного и полноценного развития медицинской теории. В самом общем виде задача медицинского познания состоит в выявлении закономерных процессов, происходящих в организме, причин возникновения патологических состояний, а также в научном поиске наиболее эффективных способов и средств их предупреждения, устранения. Таким образом, медицинское познание становится специфическим интеграционным способом постижения жизни, философского осмысления различных областей исследования и синтеза самых разных знаний, касающихся человека, его образа жизни и качества жизнедеятельности. По характеру решаемых вопросов медицинское познание выходит за рамки чисто научной дисциплины и в немалой степени становится междисциплинарной сферой постановки и разрешения всех человеческих проблем. Медицинское познание как особо деликатный способ целостного знания о человеке, его организме, духовности объединяет и интегрирует различные формы исследования: теоретические и экспериментальные. Гуманный характер медицинских задач выходит далеко за пределы научной дисциплины, которая в значительной степени становится социально-гуманитарной сферой познания человеческих проблем.