Важным направлением в деятельности сельскохозяйственного ведомства империи была организация переселения избыточного крестьянского населения на восток страны. Пик переселений пришелся на вторую половину 1880-х гг. Всего из многоземельных губерний Европейской России за 1881–1894 гг. было переселено 94 488 чел.196
В этот период правительство предпринимало энергичные меры по осмыслению и преодолению негативных социоестестественных последствий аграрного перенаселения: были учреждены комиссия под руководством директора одного из департаментов Министерства финансов В. И. Ковалевского – «Особое совещание для выяснения общих и основных причин экономического упадка группы губерний центрально-черноземной полосы Европейской России» (1899–1901 гг.), «Комиссия о Центре» под председательством товарища министра финансов В. Н. Коковцова (1901 г.), по инициативе министра финансов С. Ю. Витте было созвано «Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности» (1902–1905 гг.)197. Материалы с мест воочию показали глубину кризисных явлений в деревне Европейской России198.
По-прежнему аграрное ведомство уделяло специальное внимание развитию отдельных отраслей сельского хозяйства. В 1896 г. была созвана специальная сельскохозяйственная комиссия для рассмотрения постановлений и ходатайств Всероссийского съезда сельских хозяев, прошедшего по инициативе Московского общества сельских хозяев в Москве в декабре 1895 г. Ее председателем был избран А. А. Нарышкин, товарищ министра земледелия, а членами являлись И. А. Звегинцев, Н. А. Хомяков, Д. А. Тимирязев, И. И. Жилинский, И. А. Арапов, Ф. И. Никитин, И. А. Бильдердинг, Н. И. Червинский, С. С. Бехтеев, Ф. С. Голицын, А. А. Куракин, А. А. Шульц, Д. И. Семенов, Я.Я. Шварц, К. Ф. Головин, Н. И. Шидловский, И. В. Стенбок-Фермор. В период февраля-апреля, октября 1896 г. комиссия провела восемь заседаний, на трех из которых присутствовал министр199. Комиссия согласилась с предложениями съезда о дальнейшей поддержке министерством сельскохозяйственных обществ, расширении сети сельскохозяйственных учебных заведений, опытных полей и станций, практики применения удобрений, энергичных мерах по орошению засушливых районов посредством устройства большого числа прудов, в т.ч. служивших скоту водопоем. Для реализации последнего чиновники считали важным расширение мелиоративного кредитования. Комиссия признала целесообразным развитие коневодства, механизацию сельскохозяйственного труда200. Для развития животноводства в 1901 г. была создана ветеринарная часть в составе Министерства внутренних дел201.
В поздний пореформенный период правительство уделяло повышенное внимание развитию Сибири, что было обусловлено строительством Транссиба – грандиозным проектом начала XX в., – необходимостью его обеспечения строительными и отопительными материалами. В связи с этим министр совершал командировки туда, следил за осуществлением развития сельского, лесного и горного хозяйств. В развитие края вкладывались немалые денежные средства. В отчетах о сибирских поездках министра содержатся очень ценные наблюдения не только о развитии Сибири, апробированных в старопахотных частях империи способах колонизации, возникавших в результате проблем, но и о социоприродных проблемах Европейской России в связи с ее «оскудением». Так, осенью 1895 г. министр земледелия А. С. Ермолов совершил поездку в Сибирь, о чем составил доклад императору