Направление российского посольства в Японию и продвижение эскадры вызвало беспокойство западных держав и США. Особое беспокойство и озабоченность проявили голландцы. В апреле 1852 г. Ф. Зибольд [120], немец по национальности, работавший врачом в голландской фактории на о. Дэсима в 1823–1829 гг., представил нидерландскому министру колоний доклад, в котором рекомендовал голландскому правительству выступить посредником в случае переговоров Японии с каким-либо иностранным государством. Записка Зибольда была одобрена, и он направил 8 ноября 1852 г. русскому посланнику в Австрии П. К. Мейендорфу, с которым Зибольд был знаком, свой план установления отношений России с Японией. «Узнав о намерении Русского Правительства, – вспоминал он впоследствии, – снарядить экспедицию в Японию, я, для пользы науки и всеобщей торговли, обратился к одному из высших русских сановников и сообщил ему в особой записке (8 ноября 1852 г.) моё мнение об японском вопросе, приложив только что вышедшую Историю открытий в Японском море и составленный мною атлас Японии, как руководство для предполагаемого путешествия. Вследствие того я получил обязательное приглашение из С. Петербурга (25 декабря), в следующих выражениях: «Ваше письмо и приложенный к нему мемуар, по надлежащему их рассмотрении, возбудил здесь желание собрать из ваших уст пояснения и дополнительные сведения о вопросе, известном вам точнее, нежели другому европейцу» [121]. В своей записке Зибольд упоминал и о Сахалине, советуя в случае отказа японцев от переговоров занять остров Сахалин, который наиболее подходит для учреждения там русской торговой фактории и занимает стратегическое положение с точки зрения морской навигации и торговых путей по Амуру [122].

В результате консультаций с Зибольдом было решено заменить письмо Николая I японскому императору на письмо канцлера Нессельроде японскому Верховному совету, такое же письмо адресовалось и губернатору Нагасаки. 24 февраля 1853 г. Николай I утвердил проект первого договора России с Японией. Была подготовлена для Путятина и дополнительная инструкция Министерства иностранных дел. В ней регламентировалось его поведение на переговорах с японцами. В зависимости от хода переговоров ему давалось право изменить проект договора. Но там же Е. В. Путятину рекомендовалось приступить к рассмотрению границ России с Японией, обратив особое внимание на Сахалин, «который имеет для нас особенное значение, между прочим, и потому, что лежит против самого устья Амура. Держава, которая будет владеть сим островом, будет, так сказать, владеть ключом Амура… Если же встретите непреодолимые со стороны Японского правительства препятствия к признанию наших прав на Сахалин, то лучше в таком случае оставить дело это в нынешнем его положении, предоставив времени и обстоятельствам упрочить действительное влияние России на сей остров» [123]. 28 февраля 1853 г. Министерство иностранных дел отправило эти новые инструкции со специальными курьерами К. А. Бодиско и А. Е. Кроуном, предупредив, что Путятин должен получить эти инструкции до прибытия в Японию.

Курьеры догнали эскадру Путятина 25 июля 1853 г. в гавани Ллойд на о. Пиль архипелага Бонин [124], где собралась вся русская эскадра. Обследовав о. Бели и ряд других островов Бонин, эскадра 4 августа покинула Ллойд и 9 августа бросила якорь на рейде г. Нагасаки