Основная часть лесопокрытых площадей лесного фонда республики являются защитными.

Общая площадь лесных земель (земель лесного фонда и лесных площадей, не входящих в лесной фонд) составляет 6 091,8 тыс. га, а общая лесопокрытая площадь республики – 4 120,7 тыс. га (44,4% площади земельного фонда), 19,9% лесопокрытой площади занято хвойными породами, имеющими эксплуатационное значение.

Более 2/3 валового товарного оборота лесопромышленного комплекса приходится на дрова и круглый необработанный лес, вывозимый в Алтайский край и Новосибирскую область. Через эти территории лес экспортируется в Казахстан, Узбекистан, Афганистан, Китай.

Лесная инфраструктура практически отсутствует. Все перевозки грузов в республике держатся на Чуйском тракте – трассе федерального значения, соединяющей города Новосибирск, Бийск и село Ташанта.

На автомобильный транспорт приходится почти 99% всех видов перевозок. Протяженность автомобильных дорог более 3,2 тыс. км, из которых 541 км приходится на главную автомагистраль – Чуйский тракт.

По результатам курортологического обследования, проведенного ФГУ «ТНИИКиФ ФМБФ России» в 2010 году, Республика Алтай признана регионом с высоким потенциалом рекреационно-оздоровительной деятельности.

Республика Алтай в рейтингах общественной организации «Зеленый патруль», «РИА-Аналитика» и ряда других аналитических агентств уверенно входит в четверку лидеров с наиболее благополучной экологической обстановкой среди субъектов РФ.

Горный Алтай остается одним из немногих регионов России, которому удалось сохранить практически нетронутым свой природный потенциал.

Социально-экологический индекс региона несколько ниже, прежде всего, за счет недостатков среды обитания и информационно-психологического климата.

Наиболее низкие оценки республика получает по промышленно-экологическому индексу.

Серьезную опасность представляют полигоны твердых бытовых отходов.

Охотничье-ресурсный потенциал Республики Алтай представлен 6 918,8 тыс. га охотничьих угодий, из которых 1 256,2 тыс. га выделено юридическим лицам для долгосрочного пользования.

Горный Алтай отличается разнообразием видового состава животных: 80 видов млекопитающих, 300 видов птиц, из которых около 250 гнездящихся, 11 видов земноводных и пресмыкающихся, 44 вида рыб.

На территории региона обитает 67 видов промысловых зверей и птиц, поэтому республика считается одним из лучших охотничьих регионов Западной Сибири.

Минерально-сырьевая база Республики Алтай достаточно разнообразна. Регион располагает различными ресурсами, часть из которых имеет промышленные параметры: уголь, железо, молибден, вольфрам, золото, серебро, редкие металлы, строительные и технологические материалы.

Наибольшим резервным потенциалом обладают запасы молибдена (30% от разведанных запасов России), лития (30%), волластонита (20%), серебра (7%) и спекулярита (6,9%).

Особенностью структуры природного потенциала Республики Алтай является сильная обратная зависимость в развитии рекреационного и минерального потенциалов.

Активная разработка новых месторождений может нанести заметный ущерб окружающей среде и, как следствие, туристской привлекательности территории региона.

Горный Алтай располагает значительными собственными гидроэнергетическими ресурсами.