Когда в 1900 году разразилось Боксерское восстание против иностранного вмешательства в дела Китая, Россия и Япония направили в Цинскую империю крупные экспедиционные силы. Вопреки протестам японцев, после подавления восстания русские не только не стали выводить свои войска из Китая, но и начали перебрасывать туда по Транссибирской магистрали подкрепления. В 1902 году, когда отношения между Россией и Японией ухудшились еще сильней, Япония заключила союз с Англией, обретя таким образом могущественного сторонника. В феврале 1904 года Япония разорвала отношения с Россией и неожиданно напала на русскую эскадру в Порт-Артуре – за два дня до официального объявления войны. Началась осада Порт-Артура, который капитулировал в январе 1905 года. Японская армия форсировала реку Ялу, вторглась в Маньчжурию и в марте заняла Мукден. Последняя надежда России оставалась на Балтийский флот, который, пройдя полмира, должен был атаковать Японию. Однако японский флот, подстерегший русские корабли в Цусимском проливе, уничтожил Вторую Тихоокеанскую эскадру в однодневном морском сражении. Россия проиграла войну. По Портсмутскому договору, заключенному при посредничестве Теодора Рузвельта в 1905 году, Япония получила южную часть Сахалина и северный отрезок ЮМЖД от Порт-Артура до Чанчуня. Японская империя постепенно превратила Маньчжурию в свою фактическую колонию, направляя туда японских поселенцев, которые вытеснили местное китайское население. После того как был создан этот колониальный форпост, его необходимо было защитить от возможных посягательств со стороны русских. В 1919 году японский гарнизон в Маньчжурии был преобразован в Квантунскую армию (см. карту 1).
Поражение в войне с Японией стало для России тяжелым ударом [Haslam 1992: 1]. Россия не только удостоилась сомнительной чести стать первой великой европейской державой, потерпевшей поражение от неевропейской страны, но и была вынуждена уступить Японии Южный Сахалин, являвшийся частью территории Российской империи. Кроме того, были потеряны стратегически важные Дайрен и Порт-Артур. Унижение от поражения в этой войне не прошло и после Октябрьской революции.
Впрочем, после окончания войны отношения между Россией и Японией довольно скоро улучшились; этому помогли три конвенции (1907,1910 и 1912 годов), на которых был произведен раздел сфер влияния. Внешняя Монголия перешла под протекторат России, а Япония аннексировала Корею. Маньчжурия была разделена пополам: южная часть оказалась в сфере влияния Японии, а северная – России. Также эти конвенции имели целью закрыть доступ в Маньчжурию для других западных стран, особенно США, которые прилагали активные усилия, чтобы за счет торговых и экономических связей укрепить свои позиции в этом регионе под прикрытием политики открытых дверей.
Первая мировая война дала Японии возможность продолжить территориальную экспансию в Китай. Воспользовавшись тем, что все великие страны были заняты войной в Европе, японцы атаковали принадлежавший Германии Циндао и предъявили Китаю позорный список из 21 требования. Все крупные мировые державы выразили возмущение столь наглым поведением Японии. Только Россия воздержалась от участия в общем протесте, рассчитывая, что своим молчанием заслужит благодарность Японии, которая не станет нападать на русскую часть Маньчжурии. В 1916 году Россия с Японией заключили союз, по которому обязались помогать друг другу, если какая-либо третья страна станет посягать на сферу влияния одного из союзников.
Однако Октябрьская революция и последовавшая за ней Гражданская война привели к ухудшению русско-японских отношений. Япония, как и США, направила на Дальний Восток экспедиционный корпус, который должен был оказывать поддержку антибольшевистским силам. Однако Япония была более заинтересована в захвате новых территорий, чем в борьбе с коммунизмом как таковым: японцы планировали не только вторгнуться в Северную Маньчжурию, но и продвинуться вглубь Сибири и оккупировать Северный Сахалин. Сибирская интервенция привела к тому, что отношение советского государства к Японии стало резко враждебным; русские укрепились в своем подозрении, что Япония всегда была готова нанести им удар. Общественное возмущение, вызванное Сибирской интервенцией, наложилось на унижение, испытанное после поражения в Русско-японской войне; все это привело к массовому росту сильных антияпонских настроений.