На новом витке опасно разгоревшейся Русской Смуты, при явлении самозванца Лжедмитрия Второго, митрополит Филарет был захвачен «ворами» в Ростове и доставлен в Тушинский лагерь. Он совершенно спокойно, не поморщившись и не поведши удивленно бровью, не теряя сановитого лица, признал родственника, царя Дмитрия и без всякого душевного смятения принял патриаршество. Роль «нареченного патриарха» в Тушинском лагере не смущала Филарета, тем более что его юрисдикция распространялась на все русские территории, контролируемые самозванцем.

Почетный пленник Филарет слушал поздравления своего союзника Льва Сапеги – «Посадили сына твоего на Московское государство одни казаки» – и вспоминал победы своего рода, поддержанного сильными польско-литовскими союзниками. Все это закончилось возведением на престол его пятнадцатилетнего сына Михаила. Это произошло на заключительном витке Русской Смуты, на самом ее излете.

17 мая 1607 года был убит Лжедмитрий Первый. 17 июля 1610 года слетел с трона боярский царь Василий Шуйский. 17 августа 1610 года, во время правления Семибоярщины, Москва вместе со многими русскими городами присягнула польскому королевичу Владиславу, сыну Сигизмунда Третьего. 17 сентября Семибоярщина впустила в Московский Кремль польско-литовские войска гетмана Жолкевского. 17 сентября 1612 года умер в Варшаве, в польском плену, свергнутый царь Василий Шуйский.

И вот избрание на престол Михаила Романова.

Филарет вспомнил, когда и как в голове у него приняла реальную форму идея о возведении сына на московский престол. Этому, как ни странно, способствовал гетман Жолкевский. Он отогнал от стен Москвы тушинских воров Лжедмитрия Второго и уговорил знатного князя Василия Васильевича Голицына возглавить посольство к королю Сигизмунду. Гетман убедил Голицына в том, что такое важное дело, выгодное Москве и Польше, должно быть совершено знаменитым, весьма авторитетным человеком, способным заполучить расположение и милость короля и королевича.

Вероятным кандидатом на рядовую роль в посольстве Жолкевский почему-то посчитал Михаила Романова, получившего чин стольника от фальшивого родственника, самозваного царя Дмитрия Ивановича. Когда Голицын разъяснил Жолкевскому, что по тогдашним московским обычаям четырнадцатилетний стольник не может быть включен в посольство, гетман настоял на том, чтобы московское духовенство в Речи Посполитой представлял его отец Филарет. Тот в 1610 году был отбит у тушинцев. Жолкевский знал, что между московским патриархом Гермогеном, ставленником Шуйского, и тушинским патриархом, креатурой самозваного царя Дмитрия, установились напряженные, явно недружественные отношения. Двух патриархов в православном Отечестве быть не должно, потому Гермоген с удовольствием рекомендовал гетману Жолкевскому включить в посольство Филарета вместо его сына, юного стольника Михаила.

После отречения боярского царя Шуйского в Москве начала править Семибоярщина. Филарет через своих союзников и клевретов приложил недюжинные усилия к этому. С того самого момента тушинский патриарх вел двойную игру. Он внешне, прилюдно выступал сторонником восшествия на московский престол королевича Владислава, однако втихомолку поддерживал тайные связи с донскими казаками, настраивал их в пользу своего сына Михаила. Самый удивительный и интригующий момент этой детективной истории с посольством к королю и будущим возведением на престол царя Михаила состоял в том, что и Филарет, и его сын-стольник целовали крест королевичу Владиславу. Они вместе со всей Москвой присягнули ему 17 августа 1610 года.