Княжеский егерь и лесник не мог быть безграмотным, поэтому Александр Глюк хорошо понимал, что сыну и предполагаемому наследнику следует дать самое лучшее образование, на какое он мог рассчитывать в этих краях. Начальные школы имелись тогда почти во всех населённых пунктах, кроме самых маленьких (в Эрасбахе, например, школы не было). Детей учили читать, писать, считать, внушали им основы латыни (богослужение велось на латинском языке), преподавали Закон Божий и, практически обязательно, музыку.

В школе обучали прежде всего пению церковных псалмов и гимнов. Иногда школьный учитель мог заменять церковного регента или же, наоборот, церковный органист являлся одновременно учителем. С другой стороны, преподавателями бывали священники, монахи или монахини (если речь шла об ученицах-девочках). Классы были немногочисленными: десять-двенадцать ребятишек собирались в одной комнате, и каждый учил и отвечал свой урок. Непременным атрибутом обучения было ведёрко с розгами – шалунов и нерадивых учеников секли на глазах у всех (обычно этим занимался помощник учителя, педель).

Более основательным было обучение в иезуитских школах и гимназиях. Духовный орден иезуитов, основанный в 1534 году испанцем Игнатием Лойолой, приобрел к XVIII веку огромное влияние в католическом мире и даже за его пределами. Иезуиты вели обширную миссионерскую деятельность, рассылая проповедников в самые отдалённые страны (Индию, Китай, Японию, Конго, Парагвай, Бразилию). Для этого требовались не только твёрдые в вере, но и хорошо образованные люди, способные вести диалог с кем угодно, от южноамериканских индейцев до китайского императора. Поэтому иезуиты фактически взяли в свои руки систему образования в католических странах Европы. Они создавали, возглавляли или подчиняли своему влиянию школы, гимназии, колледжи, университеты. Наставники-иезуиты заботились не только о христианском воспитании молодёжи, но и всячески поощряли развитие наук и искусств. Математика, астрономия, физика, логика, риторика, филология (включая знание древних и современных языков, в том числе восточных), стихосложение, музыка, театр – всё это входило в программы иезуитских учебных заведений.

Кристоф Глюк посещал начальную школу в Камнице и в Альберсдорфе недалеко от замка Эйзенберг. Затем, как принято считать, отец отправил его в иезуитскую гимназию в Комотау (ныне Хомутов) – городке, также расположенном на севере Чехии, как и замок Эйзенберг, но на некотором расстоянии от последнего.

Со времени публикации первой основательной биографии Глюка, изданной в 1854 году Антоном Шмидтом, принято считать, что Кристоф учился в гимназии с 1726 по 1732 год. Однако эти данные вызывают ныне ряд вопросов. Во-первых, на службу в Эйзенберг в качестве главного лесничего Александр Глюк поступил лишь в 1727 году. Во-вторых, не обнаружено никаких записей о пребывании в стенах гимназии Кристофа Виллибальда Глюка. Зато в 1736 году в списках учеников появился «Франц Глюк из Эйзенберга». Это мог быть один из младших братьев будущего композитора, – скорее всего, Франц Антон Людвиг (1720 года рождения). Если Александр Глюк хотел воспитать старшего сына прежде всего как помощника и преемника, зачем бы он стал посылать его в иезуитскую гимназию – заведение со строгой дисциплиной, в котором к тому же всячески поощряли занятия учеников музыкой и театром – то есть именно тем, что профессиональному леснику было совершенно ни к чему? С другой стороны, Глюк, вероятно, пел в хоре иезуитской церкви при гимназии, а значит, всё-таки имел к этому заведению некоторое отношение.