В период «великих реформ», при Александре II, меняются функции отдельных экспедиций III Отделения. Но в целом оно оказалось плохо приспособлено к противодействию революционным народникам. Сказывались малая численность, нечеткость управления, отсутствие реального контроля. К августу 1880 года III Отделение насчитывало всего 72 чиновника. Но главное заключалось в другом. В своем проекте «Об устройстве высшей полиции» А. Х. Бенкендорф обещал, что результатом осуществления его предложений станет появление «бдительной полиции, охраняющей спокойствие общества и предупреждающей беспорядки и преступления». Через несколько десятков лет оказалось, что III Отделение породило страх, враждебность значительной части общества при одновременном неумении ответить на вызовы времени и ликвидировать или хотя бы резко ограничить оппозиционные политические силы66.

Из данных политического контроля, свидетельствующих о распространении революционной пропаганды и о все более широком участии в ней разночинных образованных слоев общества, власть делала глубоко ошибочный вывод, следствием которого стало стремление ограничить распространение образования в низших слоях населения. Испытывая огромную настороженность в отношении студентов, преподавательского и научного сообщества, власти использовали в первую очередь административные методы по принципу «держать и не пущать». Еще 7 июня 1862 года был принят именной Указ «О закрытии всех учрежденных при войсках воскресных школ и вообще всяких училищ для лиц, не принадлежащих военному ведомству, и о недопущении впредь никаких сборищ посторонних людей в зданиях, занимаемых войсками», поскольку «злоумышленные люди могут <…> в этих школах проводить вредные и ложные учения, что при том обнаружены уже некоторые преступные покушения увлечь и нижних чинов к нарушению долга службы и присяги»67. 18 апреля 1864 года начальник III Отделения и шеф Отдельного корпуса жандармов В. А. Долгоруков обратился к министру внутренних дел П. А. Валуеву с просьбой учредить полицейский надзор за библиотеками и читальнями68. Секретная инструкция для жандармских унтер-офицеров «по предупреждению и пресечению преступлений», изданная в 1897 году, требовала обращать особое внимание на народных учителей, фельдшеров, акушерок, приказчиков, студентов, гимназистов, семинаристов, книгонош и т. п.69

По предложению генерала М. Т. Лорис-Меликова, ставшего начальником Верховной распорядительной комиссии по охране государственного порядка и общественного спокойствия, 6 августа 1880 года вместо ликвидированных Верховной комиссии и III Отделения был создан Департамент полиции Министерства внутренних дел как руководящий орган общей и политической полиции. Департамент делился на ряд делопроизводств, каждое из которых имело свою сферу деятельности. Вопросами политической полиции ведало третье производство, а с 1898 года – Особый отдел. На местах политическим контролем ведали секретно-розыскные, или, как они стали называться позднее, охранные, отделения. Параллельно продолжал существовать Отдельный корпус жандармов как военно-исполнительный орган со своими местными органами (губернские жандармские управления, жандармские пограничные пункты, жандармские полицейские управления железных дорог). Охранные отделения имели свою агентуру наружного наблюдения (филеры) и агентуру в обследуемой среде (внутреннего наблюдения). Совместную работу Департамента полиции и Отдельного корпуса жандармов обеспечивал товарищ (заместитель) министра внутренних дел, бывший одновременно командиром Отдельного корпуса жандармов.