Тем временем прусская армия была приведена в состояние боевой готовности, и летом 1805 года, душная атмосфера которого была насыщена ощущением надвигающейся опасности, Шарнхорст, приняв решение произвести рекогносцировку некоторых территорий, отдал распоряжение офицерам своей бригады провести первые штабные тренировочные разведывательные действия, составлявшие важную часть предложений Массенбаха. Позже эти так называемые разведывательные поездки Генерального штаба стали одной из важнейших составляющих действий прусского Генерального штаба.

В октябре австрийская армия под командованием Мака была окружена в Ульме. Армия Наполеона двинулась в Моравию, где в декабре австро-русская коалиция понесла полное поражение в битве при Аустерлице. Прусская идея сохранить вооруженный нейтралитет умерла, так и не реализовавшись. Австрия заключила мир с Францией. Наполеон объединил пятнадцать германских княжеств в Рейнский союз и очень ловко, чтобы оторвать Пруссию от Англии, предложил Пруссии в качестве приманки Ганновер.

Пруссия фактически оказалась в изоляции, а ее собственное неумение вести дипломатические переговоры завершило этот процесс. На стороне Пруссии остались только Саксония и Гессен-Кассель. В случае войны вряд ли можно было рассчитывать на помощь со стороны России. Теперь не приходилось возлагать больших надежд на прусско-австро-российское сотрудничество, и, кроме того, мобилизация преждевременно исчерпала прусские финансы.

Штейн, находившийся с 1804 года на посту министра финансов, понял, что наступил решающий момент. Он отчаянно боролся за проведение радикальной реформы и отстранение безответственного правительства. Штейн практически подготовил нечто вроде дворцового переворота, рассчитывая на поддержку со стороны генералов и министров. К сожалению, только Рюхель, Блюхер и Пфуль приняли его сторону. Шарнхорст считал, что время для подобных действий упущено, поскольку, если можно так выразиться, в двери Пруссии стучится война. Возможно, он был умным и здравомыслящим человеком, хотя трудно представить, каким образом реформы могли привести к худшим последствиям, чем это произошло в действительности.

В августе 1806 года в Пруссии вновь была объявлена мобилизация. На скорую руку формировались дивизии. Однако генерал-квартирмейстерский штаб не имел реальной власти, а армия и дивизионные штабы страдали от нехватки практического опыта. Шарнхорст планировал сосредоточение сил, которые могли бы перейти в наступление против французской армии на Рейне или Майне, рассчитывая нанести упреждающий удар. Подобная стратегия, вероятно, была единственно возможной, поскольку давала выигрыш во времени, и появлялась вероятность дождаться союзников. План Шарнхорста не получил поддержки. Было решено действовать испытанным «дедовским» способом, используя главную и две вспомогательные армии, которые должны были защищать Тюрингию и Гессен, территории союзников. Получилось, что и без того незначительные прусские силы были понапрасну растянуты и практически молниеносно рассеяны во время наступления. Когда Наполеон начал разворачивать силы на территории между рекой Зиг и Верхним Палатинатом (княжество в Германии), Шарнхорст вновь выступил с предложением перейти в наступление и быстрым ударом прорвать фронт противника. И опять он не смог отстоять свою точку зрения; виной тому красноречие Массенбаха. «Я знаю, что мы должны делать, – писал Шарнхорст 7 октября 1806 года своей дочери. – Но что мы будем делать – известно только Господу Богу». Итак, война, предпринятая в самых неблагоприятных условиях, велась самым неподобающим образом, и в конечном счете на данном историческом этапе дебют прусского Генерального штаба закончился провалом. По сути, в этом не было его вины, поскольку с самого начала высший офицерский состав разъехался по армиям, тем самым оголив штаб. Фон Гесау и фон Пфуль были прикомандированы к королевскому штабу, в котором генерал-квартирмейстерский штаб играл роль своего рода секретного отдела. Фон Массенбах стал начальником штаба у герцога Гогенлоэ, командующего одной из двух прусских армий в Тюрингии. Шарнхорста назначили начальником штаба у герцога Брунсвика, командующего второй прусской армией. Таким образом, фактически имелось три Генеральных штаба, ставка главнокомандующего, два командующих армиями, не говоря уже о генерал-адъютантском департаменте, который не считался ни с чьим, кроме собственного, мнением.