Богатый опыт мысли, существенное внутреннее развитие лежат посередине между двумя работами. Когда Гегель теперь взялся за разработку логики, он делал это с совершенно иных точек зрения, с часто иными целями, овладевая гораздо более богатым материалом, чем в начале своей философской карьеры. Отсюда – бесчисленные различия между двумя редакциями в деталях, отсюда – решающие и фундаментальные различия.

В восхождении к идее абсолютного духа – таков был первоначальный план системы – необходимо было, во-первых, постичь истинное познание, а во-вторых, доказать, что это познание объективно существует в форме абсолютного духа. Таким образом, весь путь до этого момента распадался на две части. Согласно основной идее системы, развитие, проходящее через эти две части, было задано не чем иным, как единым абсолютным духом, вырабатывающим свою собственную идею. Однако в изложении постоянно происходило колебание между акцентированием момента субъективной рефлексии и объективной рефлексией, содержащейся в самих детерминациях. В соответствии с этим различием логика, в частности, отличалась от метафизики. В ней форма абсолютного духа возникала благодаря нашему мышлению, а содержание абсолютного духа начинало закрепляться в ней благодаря саморефлексии.

Однако это представление, противоречащее основной идее, привело к кризису. С помощью этой фундаментальной идеи Гегель выступил против субъективистского философствования своих предшественников. Настоящая философия начинается только там, где прекращается противостояние между субъективным мышлением и объективным определением. Все чисто субъективные формы и способы взгляда на вещи имеют свое основание исключительно в природе человеческого сознания, а эта природа, в свою очередь, может быть понята только с позиции абсолютного духа. С этой высшей, наиболее ясной точки зрения Гегель подверг критике различные способы поведения сознания. В «Феноменологии» он подверг критике эмпирическое сознание и сознание кантовской и фихтеанской философии. В этой работе он также критиковал себя за все те определения и повороты своей первоначальной логики и метафизики, которые не согласовывались с фундаментальной идеей системы. Все колебания, даже видимость колебаний, относительно того, мыслится ли в философской мысли только субъективное отношение или сама вещь, должны были исчезнуть раз и навсегда, поскольку феноменология представила философское сознание как сознание тождества бытия и мышления. Таким образом, Гринце между логикой и метафизикой рушится. Логика как таковая есть в то же время метафизика, а метафизика – в той же мере логика. Гегель подчеркивает этот тождественный характер своей теперь уже «Науки логики» в явной ссылке на феноменологию. Летом 1806 года он уже объединил феноменологию и логику в одной лекции под названием «спекулятивная философия», рассматривая последнюю как введение к первой и переходя непосредственно от понятия абсолютного знания, конечного результата феноменологии, к понятию чистого бытия, исходному понятию логики. В «Феноменологии», как и в своем великом логическом труде, он мотивирует этот переход и указывает, как задумана эта преемственность. В конце «Феноменологии» мы достигли такой формы сознания, для которой оппозиция бытия и знания больше не существует. Разум и объективность, субъект и объект, идентичны. Таким образом, разум теперь подготовил для себя «элемент знания», из которого он уже никогда не выйдет. В этом элементе знания «моменты духа распространяются теперь в форме простоты, которая знает свой объект как саму себя». Чистая наука, или логика, «содержит мысль в той мере, в какой она есть вещь в себе, или вещь в себе в той мере, в какой она есть чистая мысль». Философия Канта, как утверждается в другом месте, была озабочена трансцендентальной ценностью детерминаций мысли, то есть их отношением к субъективности и пограничным определением этого субъективного по отношению к самому себе. Рассмотрение этого отношения теперь осталось позади; через феноменологию оно было снято и урегулировано. Поэтому интерес теперь может быть сосредоточен на содержании детерминаций мышления. Таким образом, логика или система форм мышления становится в то же время системой объективных мыслей. Логика, освобожденная от своих субъективных ограничений, сама по себе становится реабилитированной метафизикой. Занимаясь в своих первых двух частях определением бытия и сущности, она фактически занимает место старой онтологии, а также охватывает всю остальную метафизику, сущностные характеристики мышления в понятиях души, мира и Бога.