Однако если на печати Ивана III обе эмблемы выступали как равнозначные, занимая каждая свою сторону, то уже в XVI в. двуглавый орел завоевывает господствующее положение, а в XVII в. становится главной эмблемой российского государственного герба. Орёл на печатях Ивана III изображался с закрытым клювом и больше был похож на орлёнка, чем на орла. Если же посмотреть на Россию того периода, то можно увидеть, что она является молодым государством, которое только начинало формироваться как централизованное.

Историк В. И. Татищев в XVIII в. выдвинул версию о том, что происхождение герба в России связано с браком великого князя Ивана III и Софьи (Зои) Палеолог, племянницы последнего византийского императора Константина XI Палеолога. Именно после её приезда в Москву Иваном III был взят герб Византии в виде двуглавого орла и соединён с московским, где был изображён всадник.

Известный историк начала XX в. Н. П. Лихачёв опроверг эту версию, заявив, что Иван III никакого византийского герба позаимствовать не мог, поскольку в Византии, как и в Римской империи, существовали только личные печати императоров. Ни общегосударственной печати, ни тем более герба с орлом Византия не имела.

Западноевропейские монархи, современники Ивана III, считали себя прямыми потомками римских императоров. Именно поэтому двуглавый орёл стал символом императорской власти. А символ королевской власти изображался в виде одноглавого орла.

Таким образом, появление на печати двуглавого орла можно объяснить желанием московского князя показать равенство с западными странами, особенно с императорами Священной Римской империи.

Какова же история происхождения и распространения двуглавого орла? Это один из древнейших символов и происходит он из стран Древнего Востока. Его первое изображение относится ещё к VI в. до н. э. В XI в. двуглавый орёл стал элементом восточного орнамента. В XIV в. он встречается на медных монетах золотоордынского хана Джанибека, но государственным гербом ещё не становится.

С XII в. изображение двуглавого орла распространяется и по Европе. Он становится королевским гербом императоров Германии и Священной Римской империи. Как эмблема двуглавый орёл носил не только светский, но и религиозный характер. В Византии двуглавый орёл был отличительным признаком принадлежности к императорскому двору, и одежда с его изображением свидетельствовала о высшем положении в государстве. Однако гербом в Византии он так и не стал и на императорских печатях никогда не использовался.

В царствование Ивана IV Грозного (1533–1584) Россия покорила Казанское и Астраханское ханства, присоединила Сибирь. Рост могущества русского государства отразился и на его гербе. В 1560-е гг. царь провёл реформу печати. Двуглавый орёл на ней был увенчан одной короной с восьмиконечным православным крестом над ней. На лицевой стороне печати на груди орла был изображён щит с всадником. На другой стороне печати впервые появился орёл с единорогом – личным знаком царя. Единорог являлся символом силы и власти.

Государственный орёл Алексея Михайловича (1645–1676) явился образцом для последующих официальных изображений русского гербового орла. У него были полностью раскрытые и высоко поднятые вверх крылья. Это символизировало собой полное утверждение России как сильного и мощного государства. Его головы были увенчаны тремя царскими коронами, на груди помещён щит с московским гербом, в лапах – скипетр и держава. До появления в лапах орла атрибутов монархической власти его когти были разжаты.

Все последующие русские государи также использовали две эмблемы – всадника и орла – для своих печатей. Они же вошли и в государственный герб. В 1667 г. в России создали новую государственную печать. Она знаменита тем, что её официальное описание было включено в Полное собрание законов. Это было первое постановление российского законодательства о форме и значении государственного герба. В специальном указе царя Алексея Михайловича 1667 г. «О титуле царском и о государственной печати» написано, что «орёл двоеглавный есть герб державный великого государя, царя и великого князя Алексея Михайловича»; три короны «знаменуют» три «великие – Казанское, Астраханское, Сибирское – славные царства». Скипетр и яблоко (держава) «являют» государя, самодержца и обладателя.