С первых лет в политике Петра I прослеживалась тенденция снижения роли в управлении государством малоэффективной Боярской думы. В 1699 году при этом царе была организована Ближняя канцелярия, в помещении которой позже собирались Консилии (Совет) министров. В них входило до 15, управлявших отдельными приказами, доверенных лиц. Это был прообраз будущего, сформированного 22 февраля (5 марта) 1711 года, Правительствующего Сената. Последние упоминания о Боярской думе, точнее «съездах бояр», относятся к 1708 году: в это время участники заседаний «конзилиумов» могли называться «боярами» и «министрами». С 1708 года в Консилии был установлен определенный режим работы: каждый министр имел особые полномочия, появились отчетность и протоколы заседаний. В 1711 году был учрежден, заменивший Боярскую думу и подменявшую ее Консилию, Сенат.

«Смотреть во всем государстве расходов, и ненужные, а особливо напрасные, отставить. Денег, как возможно, сбирать, понеже деньги суть артериею войны».

Петр I

(об основной задаче Сената)

Созданный для текущего управления государством Петром на время его отсутствия, в период Прутского похода, Сенат, в составе 9 президентов коллегий, постепенно превратился из временного в постоянно действующее высшее правительственное учреждение. Это было закреплено царским Указом 1722 года. Оно контролировало правосудие, ведало торговлей, сборами и расходами государства, наблюдало за исправностью отбывания дворянами воинской повинности. Сенат выполнял, переданные ему, функции Разрядного и Посольского приказов.

Решения в Сенате принимались коллегиально, на общем собрании и заверялись подписями всех членов этого высшего государственного органа. Таким образом, Петр I делегировал часть своих полномочий Сенату, но одновременно возложил на его членов персональную ответственность.

Одновременно с Сенатом была введена должность фискалов. Обязанностью обер-фискалов при Сенате и фискалов в провинциях был негласный надзор за деятельностью учреждений: выявление случаев нарушения указов и злоупотреблений, донесения Сенату и царю. С 1715 года за работой Сената следил генерал-ревизор, переименованный с 1718 года в обер-секретаря. С 1722 года контроль над Сенатом осуществляют генерал-прокурор и обер-прокурор. Им подчинялись прокуроры всех других учреждений. Без согласия и подписи генерал-прокурора никакое решение Сената не имело силы. Генерал-прокурор и его заместитель обер-прокурор были напрямую подчинены государю.

Для исполнения решений Сената как правительства требовался административный аппарат. Поэтому 1717–1721 годах была проведена реформа исполнительных органов управления. В ее результате параллельно системе приказов, с их нечетко определенными функциями, по шведскому образцу, были созданы, 13 коллегий, ставших предшественниками будущих министерств. В отличие от приказов, функции и сферы деятельности каждой коллегии были строго разграничены, а внутренние отношения в них строились на принципе коллегиальности решений.

      Церковными делами управляла, заменившая патриарха и Соборы РПЦ, Духовная коллегия, с 1721 года – Святейший Правительствующий синод. В ее состав вошли представители высшего духовенства. Поскольку их назначение осуществлялось царем, а решения им утверждались, российский император стал фактическим главой Русской православной церкви. В высшей светской власти, действия Синода контролировал, назначаемый царем, гражданский чиновник – обер-прокурор. Петр I своим Указом приказал священникам нести просвещенческую миссию среди крестьян: читать им проповеди, наставления, учить детей молитвам, воспитывать у них почтение к царю и церкви.