Федеральный уровень организации системы экологического мониторинга образован для:

• организационного обеспечения процедур интеграции экологической информации, получаемой территориальными системами экологического мониторинга, государственными и ведомственными службами и сетями наблюдений;

• информационного обеспечения процедур принятия решений в области обеспечения экологической безопасности и охраны окружающей природной среды на федеральном уровне управления;

• информирования населения и общественности об экологической обстановке на территории страны и тенденциях ее изменения.

В организационные задачи федерального уровня ЕГСЭМ входит:

• координация работы государственных и ведомственных служб и сетей наблюдения за природными средами и природными объектами для получения целевых показателей состояния, диагностики и раннего предупреждения;

• координация функционирования территориальных систем экологического мониторинга;

• организация разработки и реализации единой научно-технической политики в области экологического мониторинга и экологической информации;

• организационное управление информационными потоками между различными ведомствами и территориальными органами;

• организационное обеспечение функционирования информационных и информационно-аналитических систем, обеспечивающих необходимыми данными процедуры принятия решений в области охраны окружающей среды и экологической безопасности на федеральном уровне;

• организационное взаимодействие с международными и национальными системами экологической информации и экологического мониторинга;

• организационное обеспечение единства данных наблюдения и экологических показателей.

Координация работы государственных и ведомственных служб и сетей наблюдения касается прежде всего координации программ наблюдения, выполняемых:

• Федеральной службой Российской Федерации по гидрометеорологии и мониторингу природной среды;

• Федеральной службой Российской Федерации по лесному хозяйству;

• Министерством сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации;

• Федеральной службой Российской Федерации по геологии;

• Комитетом Российской Федерации по рыбному хозяйству;

• Комитетом Российской Федерации по земельному кадастру;

• Департаментом санитарно-эпидемиологического надзора Минздрава РФ.

Такую координационную деятельность осуществляет в рамках ЕГСЭМ Министерство природных ресурсов, при этом каждая из государственных систем сохраняет свою функциональную и организационную деятельность. Как сложная информационно-измерительная система ЕГСЭМ имеет многофакторную структурную организацию. Так, по признакам целевого использования в ЕГСЭМ следует выделять структуры, относящиеся к мониторингу источников эмиссий; импактному мониторингу или мониторингу прямого воздействия конкретных источников на окружающую среду; фоновому мониторингу, не связанному с конкретными источниками воздействия.

По признакам объектов наблюдения, как уже отмечалось, в ЕГСЭМ следует различать структуры, ориентированные на мониторинг источников эмиссий; мониторинг абиотических сред (атмосферный воздух, поверхностные воды, геологическая среда, почвы); мониторинг биотических сред (растительность, животный мир, микроорганизмы); мониторинг геоэкосистем (совокупность экосистем с техногенной средой).

По признакам тематического использования в ЕГСЭМ следует выделять структуры, предназначенные для выполнения конкретных программ обеспечения экологической безопасности и охраны природной среды. Набор таких программ для территориального уровня экологического мониторинга определяется экологической обстановкой данной территории, следовательно, программный блок определяет индивидуальный облик территориальных систем экологического мониторинга и выполняет в них роль системогенерирующего элемента. Логическая структура программных систем определяет единообразие подходов к их разработке и содержанию. Для этих целей, опираясь на системную методологию, целесообразно выделить четыре иерархических уровня: стратегический, целевой, уровень задач, функциональный.