После 1907 года вооруженное подполье было подавлено. Радикально настроенные смутьяны, взявшиеся за оружие, казнены или отправлены в Сибирь. А Генрих Ягода, напротив, втянулся в подпольную работу, когда другие – после поражения первой революции – разочаровались и вернулись к обычной жизни. Как человека действия, его тянуло к анархистам. Он вступил в Нижегородскую организацию анархо-коммунистов.

26 июля 1909 года Московское районное охранное отделение обратилось к начальнику Нижегородского охранного отделения с просьбой сообщить сведения об анархисте-коммунисте Ягоде (здесь и далее в цитатах сохранена орфография и стилистика документов):

«По имеющимся сведениям, проживающий в Н. Новгороде, на Ковалихе в доме Некрасова, кв. 10, у матери своей, Генрих Ягода принадлежит к группе анархистов-коммунистов; и близок к известному Вашему Высокоблагородию Ивану Алексееву Чимбарисову. Сообщая об изложенном, районное отделение просит Ваше Высокоблагородие имеющиеся у Вас о Генрихе Ягоде сведения».

Иван Алексеевич Чимбарисов руководил группой нижегородских анархистов и, как выяснится после революции, являлся секретным сотрудником охранного отделения.

2 августа нижегородские жандармы информировали москвичей:

«Генрих Ягода, по негласной установке, оказался Рыбинским мещанином Генрихом-Енохом Гершеновым Ягодой, 17 лет, который проживал при своих родителях в доме № 19 Некрасова по Ковалихе, откуда выбыл 23-го июня 1909 года в Санкт-Петербург, а затем намеревался проехать в Финляндию.

Названный Ягода имеет сестер – Розу, 20 лет, и Эсфирь, 22 лет, из коих первая проживает в городе Москве и служит там аптекарской помощницей, а вторая – в Санкт-Петербурге занимается при каком-то магазине. Сведений о Генрихе Ягоде до настоящего времени в моем распоряжении не имелось.

Донося об изложенном Вашему Высокоблагородию, присовокупляю, что 5 декабря в квартире Ягоды был произведен обыск, при чем была обнаружена тайная типография Нижегородской организации Российской социал-демократической рабочей партии».

Отделение «по охранению порядка и спокойствия» в столице создали в 1866 году, после первых попыток радикальных социалистов убить императора Александра II. В 1880 году в Москве образовали секретно-розыскное отделение. Такие же отделения появились во многих крупных городах. Это была политическая полиция.

В 1898 году в составе Департамента полиции образовали особый отдел. Он ведал агентурой, засылаемой в подпольные антиправительственные организации, перлюстрацией переписки подозрительных лиц, розыском политических преступников и следил за настроениями в обществе.

Охранное отделение формировали из офицеров отдельного корпуса жандармов, считавшегося карающей рукой императора. В корпус зачисляли только потомственных дворян и только православных. Не допускались католики и даже женатые на католичках. Жандармы носили красивую синюю форму и получали содержание вдвое большее, чем строевые офицеры. Ежемесячно департамент приплачивал двадцать пять рублей. На Рождество полагались наградные – «на гуся».

Передовым по части политического сыска считалось Московское охранное отделение, во главе которого стоял Сергей Васильевич Зубатов. Потом ему доверят особый отдел Департамента полиции. Он поставил розыскное дело по западноевропейскому образцу. Наладил регистрацию подпольщиков, на них составляли справки и прикладывали фотографические снимки.

Охранное отделение состояло из агентурной части, следственной части, службы наружного наблюдения и канцелярии. При канцелярии заводили архив и алфавитную картотеку, в которую заносились фамилии всех, кто проходил по делам охранного отделения.