Далее благодаря расшифровке геномов целого ряда организмов у ученых появилась возможность провести детальное сравнение последовательностей ДНК нашего и других видов. Когда такое сравнение проводится для области человеческого гена, кодирующей некоторый белок, у нее практически во всех случаях обнаруживается значительное сходство с геномами других млекопитающих. Часто обнаруживается явное, хотя и не такое большое, сходство с генами рыб, а иногда и с более примитивными организмами, такими как плодовые мушки дрозофилы или круглые черви (ДНК человека и одного из видов червей nematod filumuna совпадают на 75 %!). Удивительным образом в итоге нескольких практических опытов выяснялось, что человек и курица друг другу – самые близкие родственники по структуре белка, а следующим по близости к человеку после курицы идет крокодил. Есть отдельные примеры, когда подобие распространяется на все филогенетическое дерево вплоть до генов дрожжевых грибов и даже бактерий. Возможно, дальнейшие исследования покажут, что человек «похож» на шимпанзе не больше, чем на других живых существ, населяющих нашу планету.
Существование же данных генетических сходств совершенно естественно и более того – неизбежно. Ибо тело человека создано из того же материала, что и тела других живых существ, состоит их тех же самых атомов. Человек и другие живые существа дышат одним и тем же воздухом, живут в единых климатических условиях, потребляемая ими жидкость одинакова по структуре. Даже раннее эмбриональное развитие человека идет таким же образом, как и у большинства животных на Земле.
Таким образом, человек и другие живые существа естественным образом обладают едиными белками и генетическими кодами.
Кроме сравнения частот встречаемости генов в популяциях для реконструкции истории человечества используется метод «молекулярных часов». Он основан на том, что скорость изменения нуклеотидной последовательности молекулы ДНК за счет точечных мутаций (т. е. изменения только одной пары нуклеотидов) настолько постоянна, что ее можно использовать для датировки отхождения данной эволюционной ветви от общего ствола. Так как большинство этих мутаций, по современным представлениям, нейтральны, т. е. не оказывают какого-либо полезного или вредного влияния на их обладателя, они не элиминируются отбором.