В связи с вопросом о принятии гагаузами христианства (от кого и когда) загадкой является терминологическое разнообразие, представленное в гагаузском языке для обозначения основополагающих для христианства понятий «крест» и «крестное знамение». Так, в указанных значениях гагаузы используют лексемы греческого (stavroz) и румынского (kruça) происхождения. Болгарский термин кръст представлен опосредованно – в термине родства (kresniţa / «крестная мать»). А вот термин haç (арабо-персидского происхождения) употребляется гагаузами исключительно в похоронной обрядности и обозначает «крест, который делает священник лопатой по четырем сторонам могилы при погребении» [Мошков, 1904а, с. 105]
Использование параллельной терминологии (гагаузской и болгарской) характерно для разных областей традиционной духовной культуры гагаузов. Очень неоднородной по своему происхождению является гагаузская терминология родства. В ней наряду с тюркскими и арабско-персидскими терминами широко используются лексемы, распространенные у болгар (возможно, тюрко-болгарские) [Квилинкова, 2005а, 2007а]. Ряд значимых лиц в родственной группе обозначаются исключительно терминами славянского происхождения. Основная часть лексем, связанных с институтом кумовства (крестное родство), также имеет славянское происхождение, в то время как термины, обозначающие искусственную форму родства и относящиеся к области усыновления, являются тюркского происхождения.
Таким образом, анализ культурогенеза гагаузов дает основание говорить о том, что в его культурно-генетическом коде присутствуют различные исторические и культурные пласты. Требует объяснения вопрос о двойственности содержания культуры гагаузов, которая проявляется в сочетании «языческого» и «христианского», «оседлого» и «кочевого», «балканского» и «тюркского» («европейского» и «восточного»), «общинно-коллективистского» и «частнособственнического».
Исследования российских, молдавских и украинских ученых по антропологическому облику гагаузов, дерматоглифике, молекулярно-генетическим данным, ДНК маркерам пока не дали окончательного ответа. Тем не менее ими делается однозначный вывод о том, что «гагаузы принадлежат к балканской популяции» [Дубова, 2012, с. 467–474; Дяченко, 1952, с. 86–89; Варзарь, 2008, р. 99–104; Варзарь, Спицин, Шереметьева, 2003, с. 1258–1267; Варзарь, Спицын, Спицына, 2006, с. 49–53 и др.].
«В итоге по данным дерматоглифики предпочтительнее оказывается гипотеза происхождения гагаузов, предполагающая, что они являются потомками отуреченных болгар. Однако, учитывая отмеченное сходство гагаузов и с турками, и с северокавказскими этническими группами, более определенно можно будет судить об этом лишь по мере появления новых данных о турках и при включении в анализ более полных данных о тюркоязычных народах Северного Кавказа. При сравнении полученных данных с частотами соответствующих генов, свойственных румынам, албанцам, грекам, русским, башкирам и туркам подтверждается большее взаимное сходство гагаузов с болгарами и их общее единство с другими народами Балканского полуострова (греками, албанцами) и турками. <…> Современные гагаузы были сопоставлены с другими балканскими, анатолийскими и Центрально-азиатскими популяциями с помощью генетических расстояний, не метрического многомерного шкалирования и анализа молекулярных вариантов. Исследования показали, что гагаузы принадлежат к балканской популяции» [Дубова, 2012, с. 474] и «входят в состав балканского кластера» [Варзарь, 2008, с. 99–104].