Весьма интересную метаморфозу претерпевает отношение Франциска к природе. Фома ничего не пишет о проповеди перед птицами, но выделяет раздел «Созерцание Творца в творениях»231. Автор жития приводит несколько примеров, в которых роль природы играют и источники света, и фазан, и деревья, и пчелы, и огород, и черви, и огонь, и сокол, и цикада. Все живое в мире отзывается Франциску и повинуется ему. Фома считает, что причиной этому стала приобретенная «беднячком из Ассизи» невинность, которая была у мира до грехопадения. Вместе с тем у животных появляется своя социальная дифференциация как у людей, отсутствующая в первом жизнеописании. Франциск то приказывает созданиям, то просит их. Так, с соколом он дружен, а вот цикаде отдает приказания232. Возможно, это происходит оттого, что прошло уже несколько десятилетий с тех пор, как Франциск ввел природу в сферу внимания человека, или, как минимум, членов Францисканского ордена. Во «Втором житии» мы можем наблюдать такую стадию осмысления природы в соотношении с человеческим обществом, когда представления об иерархии в нем переносятся на окружающий мир. У Бонавентуры эти представления станут антропоморфными233.
Развивается не только образ природы, усложняется и образ Франциска. Он, одновременно, и противостоит Люциферу, и уподобляется Христу.
Во «Втором житии» впервые появляется ссюжет, весьма востребованный в последующих агиографических произведениях Бог предназначил Франциску пустующий и самый прекрасный трон на небесах, некогда принадлежавший Люциферу234. В свою очередь его сыны, праздно проводящие время, живущие за счет бедных и постоянно насыщающие утробу, объявляют себя сынами Франциска235. Этот сюжет в описании Фомы используется для дидактического нравоучения, необходимого, чтобы показать, насколько глубок раскол в Ордене и какая страшная опасность подстерегает тех из братьев, кто выберет не тот образец для подражания.