В третьей части «Первого жития», где Фома описывал канонизацию св. Франциска, он уделил особое внимание профессорам, «мудрым мужам» из Парижского университета, а также королю Франции и высшей знати, пришедшим поклониться святому130.

Однако когда нищенствующие монахи, странные, чуждые, подозрительно похожие на еретиков-вальденсов, только начали проникать в область влияния французской церкви, они были встречены ею сперва агрессивно. Если мирское общество было настроено к Ордену благосклонно, то церковь обвинила францисканцев в ереси. Однако папа Гонорий III, взявший “Ordo Fratrum Minorum” под прямое покровительство, разослал письма с рекомендациями Ордена иерархам131.

С.А. Котляревский предположил, что нищенствующие ордена воспринимались белым клиром как орудие папской борьбы против его самостоятельности132, что было вполне логично, принимая во внимание сложные взаимоотношения Римской курии и “ecclesia francorum”. В 1219 г. Гонорий III дал обоим нищенствующим орденам – доминиканскому и францисканскому – право на проповедь по всем краям земли, право совершать службу на дорожных алтарях и отпускать грехи. То есть дал им обширные права в области «заботы о душе» (“cura animarum”), что фактически ставило братию орденов на одну ступень с белым духовенством, отбирало часть обязанностей последних133. Учитывая притязания пап на полный контроль над всеми структурами власти, можно предположить, что нищенствующие ордена воспринимались современниками как непосредственные агенты Римской курии134. При этом права и обязанности Францисканского и Доминиканского орденов продолжали расширяться, особенно в период с 1232 по 1239 гг., когда во главе “Ordo Fratrum Minorum”, после смерти Иоанна Паренти, вновь встал Илия Кортонский, верный союзник Григория IX. Однако политика Илии Кортонского привела скорой его отставке, вызванной кризисом в Ордене135.

После обвинения Илии Кортонского в действиях по обмирщению Ордена и ннивелированию целей и идеалов Франциска на пост генерального министра в 1239 г. избрали Альберта Пизанского (ум. 1240). Одним из первых его действий в качестве главы “Ordo Fratrum Minorum” было празднование мессы. Оно символизировало начало политики, противоположной линии Илии. Отныне приоритет в Ордене отдавался клирикам, а не светским лицам.

На следующий год Альберт умер, и его сменил один из знаменитых ученых францисканцев, Хаймо де Фавершам (1241—1243). Он стремился к смягчению противоречий между образовавшимися партиями, взял курс на сближение с Доминиканским орденом. Ограничил набор братьев из мирян и поставил условие, согласно которому ключевые посты в Ордене могли занимать только те из них, у которых был сан священнослужителя. Он приказал братьям больше работать, меньше нищенствовать, поскольку нищенство плохо сочеталось с преподаванием и проповедью. Многие из новведений Хаймо были заимствованы у братьев-доминиканцев. Считается, что именно Хаймо начал реорганизацию Ордена в ученую корпорацию, которую закончил Бонавентура.

В 1244 г. в Генуе собрался очередной генеральный капитул, который избрал на пост генерального министра Кресценция из Иезу (ум. 1263)136. На этом же капитуле было принято решение приступить к сбору свидетельств о св. Франциске для составления нового, всеобъемлющего жизнеописания, автором которого вновь назначили Фому Челанского137. Во время недолгого правления Кресценций принял ряд мер по ужесточению дисциплины в Ордене138. Но более всего его министерство запомнилось указом составить новое житие св. Франциска и выходом комментария папы Иннокентия IV (1243—1254) на Устав, “Ordinem Vestrum” (1245)