А.В.Манойло убеждён, что сепаратизм представляет собой завершающую (заключительную) стадию процесса политической дезинтеграции, который начинается с регионализма и автономизма. С одной стороны, данное утверждение верно, поскольку процесс территориального отделения происходит, как правило, постепенно. Вначале речь может идти лишь о расширении прав органов местного самоуправления в соответствующем регионе. Если на данном этапе удаётся найти общие точки соприкосновения с центральными властями базового государства, достигнуть компромисса и учесть интересы всех заинтересованных сторон, то требования об отделении уже не предъявляются. В то же время, если позиция властей сепаратистского региона или центральных властей непреклонная и никто из них не желает идти на уступки, то ситуация может ухудшиться и перерасти в вооружённый конфликт, что может в итоге привести к территориальному отделению.

С другой стороны, сепаратизм можно рассматривать не как составную часть процесса политической дезинтеграции, а как самостоятельное явление, которое развивается не за счёт каких-либо внутренних факторов и не является следствием межэтнических противоречий, а полностью провоцируется заинтересованными внешними акторами. Другими словами, государства и международные организации могут различными способами содействовать развитию сепаратизма на территории других государств даже в том случае, если вопрос о территориальном отделении изначально не поднимался. Разумеется, для этого необходимы определённые условия, но они также могут быть искусственно созданы внешними акторами. Принимая во внимание данное обстоятельство, мы уже не можем говорить о сепаратизме как о последней стадии разложения общегосударственной политической системы, здесь сепаратизм выступает в качестве инструмента в руках третьих стран для создания нового государства в угоду их собственным интересам.

В своей статье А.В.Манойло упоминает о таком понятии как «сецессионизм», который определяется им как крайняя форма сепаратизма, предполагающая полное политическое отделение. Здесь необходимо сделать отговорку. Сепаратизм, как таковой не может иметь «крайних степеней», поскольку он сам по себе уже является радикальной формой самоопределения соответствующего сообщества или этнической группы, конечной целью которой является территориальное отделение и создание нового государства. Кроме того, термин «сецессионизм» воспринимается учёным именно как «процесс», то есть движение в сторону полного политического отделения. Но разве сепаратизм не вбирает в себя данный аспект? Целесообразно вообще отказаться от термина сецессионизма, как такового, поскольку происходит наложение двух понятий, обозначающих, в принципе, одно и тоже. Тем не менее, уместным представляется использование термина «сецессии» для обозначения конечного состояния, то есть факта полного политического и территориального отделения и, соответственно, создания нового государства. Таким образом, сепаратизм – это движение в сторону политического и территориального отделения, в то время как сецессия – конечная цель и логическое завершение этого процесса.

Справедливо утверждение А.В.Манойло о том, что сепаратистские движения могут появиться на территории государства, в котором имеется централизованная форма государственного управления. Тем не менее, как показывается практика, сепаратизм может появиться и в условиях ослабленного центрального правительства, когда регионы получают слишком широкую свободу действий. Как правильно намекает учёный, центральное правительство в обоих вышеупомянутых случаях не в состоянии обеспечивать эффективное государственное управление в регионах, что приводит к серьёзному нарушению социально-экономической ситуации, и именно это обстоятельство является ключевым фактором, оказывающим влияние на появление сепаратистских движений.