Зачастую И. А. Шестаков подвергался нападкам за пренебрежение военно-морской наукой. Сам он писал об этом так: «Существенно дельно только введение военно-морской науки в академию, о чем мы давно думаем, но нельзя проповедовать латынь, не имея латинистов, а вырабатывать новую науку, не имея, чем поверить ее выводы, т. е. судов – бесполезная канцелярщина, о которой Лихачев так печалится»[64]. Говоря о «введении военно-морской науки в академию», И.А. Шестаков имел в виду наболевший вопрос об открытии в Николаевской морской академии «курса военно-морских наук» (морская стратегия и тактика, военно-морская статистика и география, военно-морская история, морское международное право), что было сделано лишь в 1896 г., а до этого в академии существовали только гидрографическое и кораблестроительное отделения. Адмирал И.Ф. Лихачев как раз предлагал создать такой курс[65].

В защиту И.А. Шестакова скажем, что когда курс военно-морских наук все же был открыт, наступила эпоха полного идейного господства в русском флоте школы А.-Т. Мэхена. Его идеи «владения морем» были восприняты в России некритически и лишь на рубеже 20-30-х гг. XX в. была сделана попытка создать систему взглядов на военно-морскую стратегию, учитывающую «нетипичные» географические условия морских театров, окружающих нашу страну. Правда, тогда создать стройную теорию, которая могла бы стать альтернативой взглядам американского теоретика, не удалось, но это уже совсем другая история.

В целом можно сделать вывод, что «система 1885 г.» имела целый ряд преимуществ по сравнению с организацией морского ведомства образца 1867 г. Однако, когда проводились преобразования середины восьмидесятых годов, корабельный состав флота был еще сравнительно невелик. Эта система могла обслуживать и выросший флот рубежа веков, но только в условиях мирного времени, когда можно было более-менее точно прогнозировать потребность флота в запасах, и отсутствовала необходимость массового экстренного ремонта кораблей. Поэтому в ходе Русско-японской войны, прежде всего, выявились недостатки материально-технического обеспечения боевых действий на море, и показали свою неподготовленность органы оперативно-стратегического руководства флотом. Их численная и интеллектуальная слабость усугублялась также непониманием большинством высших морских начальников значения и роли штаба. Еще до Русско-японской войны для некоторых морских офицеров недостатки «системы 1885 г.» были очевидны. В частности, А.Г. фон Витте предполагал, что уже в ближайшем будущем последует расширение компетенции Адмиралтейств-совета, а в его состав будут включены представители «плавающего» флота; Военно-морскому ученому отделу (ВМУО) будет придана более четкая организация и его деятельность будет сосредоточена исключительно на разработке стратегических вопросов; в ведении МТК останется лишь решение важнейших научно-технических проблем, а частные технические и хозяйственные вопросы будут переданы в ГУКИС и в порты. Кроме того, по мнению этого автора, неизбежна и коренная реорганизация ГУКИС[66].

Когда в начале 80-х гг. XIX в. обсуждался вопрос о реорганизации структуры управления ведомством, вице-адмирал Иван Федорович Лихачев (1826-1907) высказывал мысль о необходимости создания принципиально нового органа – Морского Генерального штаба, а в 1888 г. он опубликовал обширную статью в журнале «Русское судоходство», в которой детально обосновывалась необходимость создания этого органа. И.Ф. Лихачев уже в двадцатипятилетием возрасте в 1851 г. получил под команду корвет «Оливуца» и чин капитан-лейтенанта. Во время Крымской войны он был одним из четырех флаг-офицеров при адмирале В. А. Корнилове и отвечал за организацию перевозок через Севастопольскую бухту. Во время обороны Севастополя И.Ф. Лихачев получил контузию и был награжден несколькими орденами. После завершения войны он стал адъютантом великого князя Константина Николаевича, а в 1860 г. получил чин контр-адмирала и командовал отрядом русских кораблей в китайских водах. Решительные и самостоятельные действия И. Ф. Лихачева способствовали заключению Пекинского договора с Китаем, по которому Россия получила междуречье Амура и Уссури (Уссурийосую область)