С началом Крымской войны А. С. Меншиков был назначен командующим русскими войсками в Крыму, и управление флотом переходит в руки Константина Николаевича, хотя формально он получил права министра лишь в 1855 г.[59] Морское ведомство одним из первых в «эпоху великих реформ» подверглось коренной реорганизации. Ломка прежней структуры началась уже в 1860 г. Одной из целей нового «главного начальника флота и морского ведомства» было продемонстрировать возможность управлять ведомством на новых, либеральных началах. Стремление убедить Александра II и его ближайшее окружение в чудодейственной силе реформ привело Константина Николаевича к необходимости дать слишком поспешное обещание, что бюджет его ведомства не превысит 16,5 млн руб. в год. Это привело к режиму строжайшей экономии, в результате осуществления которого флот резко сократился. Судостроение в должных объемах не велось. Центральный аппарат был полностью реорганизован, ГМШ – упразднен. Теперь во главе флота и морского ведомства стоял генерал-адмирал, которому непосредственно подчинялись главные командиры флотов и портов, центральное

управление личным составом, а управляющий Морским министерством заведовал хозяйственной частью. Основными подразделениями министерства продолжали оставаться департаменты, самостоятельно распоряжавшиеся финансовыми средствами в пределах сметы. Портовые управления получили значительную хозяйственную самостоятельность. Кораблестроение оказалось поделено между двумя департаментами: Кораблестроительно-Техническим, занимавшимся проектированием кораблей (он унаследовал функции Пароходного комитета, созданного еще в 1842 г.), и Кораблестроительным, осуществлявшим надзор за ходом работ. Тогда это нововведение было оправдано, так как бурное развитие техники в отечественном флоте только начиналось, и необходимо было дать возможность очень немногочисленным тогда специалистам сосредоточиться на решении технических вопросов. В то время в России практически не существовало собственного производства паровых машин, броневой стали и многих других новинок, поэтому одной из главных функций офицеров Кораблестроительно-Технического департамента являлось наблюдение за исполнением заказов за границей, и в повседневной деятельности они не были тесно связаны с Кораблестроительным департаментом, наблюдавшим за судостроением в России.

К 1867-1869 гг. был приурочен новый этап реорганизации ведомства. Великий князь Константин Николаевич с 1865 г. занимал пост председателя Государственного совета, а в 1862-1863 гг. был наместником Царства Польского. Новые обязанности вызвали охлаждение к повседневным делам морского ведомства, и поэтому управляющий Морским министерством получил права министра с передачей ему функций руководства всеми центральными учреждениями, причем сам управляющий подчинялся генерал-адмиралу. Кроме того, стремление экономить во что бы то ни стало привело к упразднению большинства департаментов и объединению всех хозяйственных дел в Канцелярии Морского министерства, превратившейся в главный орган управления ведомством. Естественно, что справляться со своими обязанностями директор Канцелярии мог только до тех пор, пока флот был невелик.

Кораблестроительно-Технический департамент был упразднен, а его функции переданы Морскому Техническому комитету, ставшему коллегиальным учреждением. Возникшая в результате структура центрального управления морским ведомством получила впоследствии название «системы 1867 г.».

В 1881 г. Константин Николаевич, после смерти старшего брата, вынужден был покинуть пост главного начальника флота и морского ведомства. Его сменил брат нового императора Александра III великий князь Алексей Александрович (1850-1908). Как и его дядю, Константина Николаевича, Алексея Александровича с детства готовили к роли будущего вождя русского флота. В 1871 г., когда великому князю исполнился двадцать один год, он был назначен старшим офицером фрегата «Светлана», на котором совершил плавание в Северную Америку, обогнул мыс Доброй Надежды, посетил Китай и Японию и побывал во Владивостоке. Алексей Александрович принял участие и в русско-турецкой войне 1877-1878 гг., наводя переправу через Дунай. 13 июля 1881 г. великий князь занял пост главного начальника флота и морского ведомства, а в 1888 г. получил чин генерал-адмирала.