На это обращение последовал ответ «старших студентов», упрекавших преподавателей, в том, что в тяжёлые времена они протягивают своим «детям» вместо хлеба камень, вместо рыбы змею. С бескомпромиссным напором студенты говорили о слепоте наставников, не видящих, что власть стремится вбить клин между учениками и учителями и установить в храме науки полицейские законы.

Обеспокоенные сложившейся в Москве обстановкой, родители Флоренского умоляют сына в случае серьёзной опасности вернуться домой. Отец даже предлагает продолжить учёбу за границей, на что Флоренский решительно отвечает: «Уезжать теперь из Москвы мне нельзя; надо будет как-нибудь действовать, а не удирать».

Друг Александр Ельчанинов, студент Петербургского университета, где волнения в эту пору имели более страшные последствия – пролилась кровь, несколько человек погибло, эмоционально просит Флоренского унимать однокурсников, по возможности гасить недовольство, не вставать на сторону забастовщиков. «Это даже преступно увлекать на демонстрации несмышленую толпу юношей и девушек, думающих, что у нас с этого года начинается революция; у нас, по крайней мере, очень распространены прокламации такого рода, губящие молодёжь, не знакомую ни с историей, ни с положением страны, в которой они думают устроить революцию», – негодует в письме Ельчанинов.

Но за несколько дней до послания друга Флоренский написал заявление на имя ректора университета:

Мудрый декан физико-математического факультета Бугаев не дал ход этому заявлению, чем уберёг талантливого студента от возможных неприятностей.

Постепенно обстановка нормализовалась, студенты смогли завершить учебный год. После успешной сдачи сессии Флоренский уехал домой на летние каникулы. В душе молодого человека, несмотря на пережитые тревоги, было счастливое ощущение, что Москва его приняла, действительно оказалась отзывчива.

Два следующие года Флоренский трудится в ломоносовском темпе: готовит к печати лекции Бугаева по интегральному исчислению и Каблукова по органической химии, собирает материалы для биографии выдающегося философа, математика и общественного деятеля Николая Ивановича Гулака, переводит «Физическую монадологию» Канта, помогает отцу с переводом французского исследования об ассенизации городов Европы, пишет ряд работ по математике и философии. И всё это одновременно с насыщенными университетскими занятиями.

И вновь выбор, новое распутье. Прежде нерасторжимые в сознании физика и математика теперь видятся двумя возможными сценариями жизни, двумя разными путями научных исканий. Математика – теория, x и y бытия, такая желанная попытка мировоззренческого всеединства; физика – практика, конкретные величины и значения, зримые и осязаемые результаты труда. Математик – Homo sapiens, мыслитель; физик – Homo faber, творец.

В переписке отец призывает Флоренского сосредоточиться на физике, и тот начинает активно посещать физическую лабораторию университета, куда получали доступ только отличники, но в то же время организует на факультете математическое общество. Готовя на его открытие вступительное слово, сын будто пытается ответить отцу, берётся за оправдание математики. Если бы этот диалог отца и сына случился вживую, он был бы примерно таким.