Северный флот, как и ранее, в 1943 году главным образом обеспечивал переходы конвоев и оставался в непосредственном подчинении наркома ВМФ. В этом году германский флот использовал против судоходства на Севере преимущественно подводные лодки, так как значительную часть бомбардировочной авиации пришлось перебросить на другие участки фронта. В январе и феврале три союзных конвоя достигли советских портов без потерь. Однако с началом полярного дня союзники прекратили отправку конвоев и возобновили доставку грузов северным маршрутом только в ноябре 1943 года. Так как в Альтен-фьорде базировались германские линейные корабли, для прикрытия конвоев англичане посылали линкоры и крейсера. В декабре 1943 года Н.Г. Кузнецов по указанию Ставки побывал в Полярном. Именно в эти дни, 26 декабря, когда линкор «Шарнхорст» попытался атаковать конвой РА-55А, шедший из советских портов, он в свою очередь оказался под обстрелом кораблей прикрытия конвоя и был потоплен.

Нарком ВМФ побывал на полуострове Средний, где располагался командный пункт командующего Северным оборонительным районом. Оттуда можно было просматривать весь Варангер-фьорд, через который проходил маршрут неприятельских перевозок. Кузнецов сам наблюдал один из боев с неприятельским конвоем, прикрытым дымовой завесой. По судам вели огонь советские береговые батареи, им отвечали германские. Так как эффективность стрельбы по площадям оказалась невысока, вслед за тем конвой атаковали торпедные катера, для которых неприятельская дымовая завеса служила укрытием. Кузнецов отмечал в воспоминаниях, что в 1943 году на Севере основные потери противнику нанесли авиация, подводные лодки и торпедные катера.

Так как промышленность пополняла подводные силы Северного флота только малыми подводными лодками, которые можно было доставлять по железной дороге, пять средних подлодок с хорошо подготовленными экипажами прибыли в Полярный с Тихого океана. Они успешно воевали.

Численно советская авиация (около 300 самолетов) сравнялась с германской, но та имела в Северной Норвегии больше аэродромов, с которых атаковала конвои. Нашим летчикам приходилось действовать с большего расстояния. Тем не менее они не раз наносили успешные удары по неприятельским самолетам на аэродромах. Летчики минноторпедной авиации осуществляли одиночную охоту. В воздухе над Варангер-фьордом действовали все типы самолетов. В хорошую погоду конвои атаковали торпедоносцы, в плохую погоду – истребители и штурмовики. Авиационное командование совершенствовало тактику, а со второй половины 1943 года приступило к совместным действиям с подводными лодками и торпедными катерами.

Совершали набеговые операции и эскадренные миноносцы. Командующий Северным флотом А.Г. Головко, человек энергичный, иногда сам выходил в набег. Торпедные катера и малые охотники ставили мины на подходах к Петсамо и западнее порта. Хорошо была организована разведка. Так как авиация и подводные лодки не всегда могли вовремя сообщить о движении противника, применяли высадку наблюдательных групп на необитаемые острова и берега. Немало информации о движении неприятельских конвоев флот получал от норвежских патриотов. Несмотря на тяжелые погодные условия и действия противника, по внутренним коммуникациям на Севере было за войну перевезено около 1 миллиона 200 тысяч человек пополнения и свыше 1 миллиона 600 тысяч тонн различных грузов.

На Черноморском флоте осенью 1943 года одной из основных задач стала морская блокада запертых в Крыму неприятельских войск. Для этого использовали авиацию, торпедные катера и эскадренные миноносцы. Последние выходили из Туапсе, два-три часа действовали у берегов Крыма, затем обстреливали береговые объекты и возвращались. Однако гибель трех эсминцев от ударов германской авиации 6 октября 1943 года заставила отказаться от таких рискованных походов.