Нападение Германии на Советский Союз сразу изменило расстановку сил в мире. Уже 22 июня премьер-министр Великобритании У. Черчилль заявил о поддержке СССР в войне. 24 июня президент США Ф.Д. Рузвельт, несмотря на то что страна еще не вступила в войну, обещал предоставить «всю возможную помощь». Со временем обещания вылились в поставки вооружения и продовольствия по ленд-лизу. 12 июля Кузнецова вызвали в Кремль на церемонию подписания англо-советского соглашения, которое предусматривало совместные действия и содержало обязательства не заключать сепаратного мира. Не раз нарком встречался с английским морским представителем контр-адмиралом Дж. Майлсом. Два моряка быстро нашли общий язык. После первого же разговора Майлс обещал доложить в адмиралтейство о проблемах обеспечения морских перевозок между двумя странами. Позднее Англия и СССР обменивались информацией о современном вооружении. В конце июля 1941 года прибыл специальный представитель президента США Гарри Гопкинс. Он вел переговоры со Сталиным, в которых участвовал и нарком ВМФ. Обсуждали вопросы о том, какие грузы должны поступить из Америки для фронта и промышленности. Гопкинс был уверен, что Соединенным Штатам предстоит вступить в войну. Он являлся сторонником активизации английских действий в Европе. Улетев в Лондон, Гопкинс организовал Московскую конференцию трех стран (Англии, США и СССР) в сентябре-октябре 1941 года, на которой были решены важные вопросы совместных действий и помощи Советскому Союзу снабжением[37].

Но помощь союзников начала поступать позднее. Теперь же приходилось рассчитывать только на свои силы. Как и в Финской кампании, война для флота явилась несколько иной, чем планировали. В Главном морском штабе ожидали, что противник будет высаживать морские и воздушные десанты. Однако Германия, не располагавшая большим флотом, сберегала его для войны с Англией и США и поставила целью брать военно-морские базы с суши. Потому основной задачей ВМФ СССР стало взаимодействие с армией и авиацией. Кроме того, флот выполнял типичные для него задачи: действия на неприятельских коммуникациях силами подводных лодок и легких сил, постановку минных заграждений и траление поставленных неприятелем мин, перевозки войск и грузов. Но и в этих типичных для морских сил действиях возникли проблемы, в первую очередь на Балтийском море.

Еще за два дня до начала войны германские и финские суда начали постановку минных заграждений на вероятных путях движения советских кораблей. На позиции вышли подводные лодки. Активность противника заметили, но ее причины до начала боевых действий оказались неясны. Уже 23 июня на минах подорвались эсминец «Гневный» и крейсер «Максим Горький»; первый затонул, а крейсер потребовал длительного ремонта[38].

Так как для обеспечения защиты от минной опасности требовалась сотня быстроходных тральщиков, а налицо состояло лишь двадцать, в первые же дни командование Балтийского флота приказало подобрать в Ленинграде все пригодное для траления, не исключая речных колесных буксиров. Слабой оказалась зенитная оборона. Недостаток сторожевых кораблей пришлось компенсировать даже весьма дефицитными тральщиками[39].

Наиболее острое положение возникло в районе Либавы (Лиепаи). Атаку неприятельской авиации защитники базы успешно отбили, в ответ самолеты Балтийского флота нанесли удар по Мемелю (Клайпеде). С утра 22 июня подводные лодки вышли на позиции, надводные корабли начали ставить минные заграждения. Часть кораблей отправили в тыл. Однако неприятельские сухопутные войска быстро прошли дорогу от границы до города. Неотмобилизованная 67-я стрелковая дивизия и флотские подразделения сдерживали натиск противника, не позволив взять Либаву с ходу. До войны Н.Г. Кузнецов говорил с командующим Прибалтийским военным округом об обороне Либавы и Риги с суши, но тот был уверен, что немцы так далеко не пройдут. Неподготовленность сказалась. 25 июня неприятель прорвался к судостроительному заводу. Пришлось взорвать стоявшие на ремонте корабли и склады. Остатки защитников продолжали вести бои в окружении еще пять дней. В примечаниях к книге «На флотах боевая тревога» Николай Герасимович самокритично отмечал: