Министерство финансов Российской Федерации контролирует исполнение федерального бюджета и целевое использование средств, выделяемых из федерального бюджета предприятиям, организациям и учреждениям. Оно также осуществляет контроль за использованием средств государственных (федеральных) внебюджетных фондов.

В структуре министерства находится федеральное казначейство. На органы казначейства возложены задачи по управлению доходами и расходами федерального бюджета, регулированию финансовых отношений между федеральным бюджетом и государственными внебюджетными фондами и др. Для этого открываются счета казначейства в банках исходя из принципа единства кассы.

На ФИС возложены следующие обязанности: контроль за соблюдением законодательства о налогах и сборах, определение правильности исчисления налогов и других обязательных платежей, контроль полноты и своевременности их внесения в соответствующие бюджеты. Контроль проводится должностными лицами налоговых органов, таможенных органов, органов государственных внебюджетных фондов в пределах своей компетенции посредством налоговых проверок; получения объяснений налогоплательщиков, налоговых агентов и плательщиков сбора; проверки данных учета и отчетности; осмотра помещений и территорий, используемых для извлечения дохода; в других формах, предусмотренных НК.

Согласно законодательству налоговый контроль осуществляется в формах камеральной, выездной и встречной налоговых проверок. Процессуальные правила и условия проведения налоговых проверок закреплены в ст. 87–89 НК. Субъекты и объекты налоговых проверок многочисленны. К ним отнесены министерства, ведомства, государственные учреждения и организации; коммерческие предприятия и организации; совместные предприятия; негосударственные учреждения и организации; граждане России, иностранные граждане и лица без гражданства.

Банк России осуществляет банковское регулирование и надзор за деятельностью банков и других кредитных учреждений. Правовой основой деятельности банка служит упомянутый ранее Федеральный закон «О Центральном банке Российской Федерации (Банке России)». В соответствии со ст. 59 данного закона Банк России принимает решение о государственной регистрации кредитных организаций и в целях осуществления контрольных и надзорных функций ведет Книгу государственной регистрации кредитных организаций, выдает лицензии на осуществление банковских операций, приостанавливает действие указанных лицензий и отзывает их. Банк России контролирует проведение расчетов, денежное обращение и валютные операции.

Федеральная таможенная служба (далее – ФТС) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим в соответствии с законодательством Российской Федерации функции по контролю и надзору в области таможенного дела, а также функции агента валютного контроля и специальные функции по борьбе с контрабандой, иными преступлениями и административными правонарушениями. Эти функции предусмотрены Положением о Федеральной таможенной службе, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 21 августа 2004 г. № 429.

Финансовый контроль кроме государственных органов осуществляют специалисты экономических служб хозяйствующих субъектов, а также независимые аудиторы и аудиторские фирмы.

Внутрихозяйственный финансовый контроль (внутренний аудит) проводится на конкретных предприятиях, в учреждениях и организациях по решению их руководителей. Контроль выполняется внутренними экономическими службами: финансовым отделом, бухгалтерией, отделом бюджетирования и т. д. Контрольные функции связаны непосредственно с финансовой и хозяйственной деятельностью самого предприятия и входящих в его структуру подразделений.