Новгород не был первым пунктом экспедиции. До этого расправа прокатилась по Торжку, Медному, Твери, Клину, Бежецкой пятине. Накануне, в декабре 1569 года, был убит митрополит Филипп, который после низложения находился в Отроч-монастыре на Тверской земле. Перед самым походом к митрополиту явился Малюта Скуратов просить благословения. Само собой, благословить подобное мероприятие Филипп отказался. Что произошло во время или после их беседы – неизвестно. Споры о том, убил Филиппа Малюта, кто-то другой или вообще смерть митрополита – несчастный случай, ведутся до сих пор. Но впустую. Так или иначе, это была последняя встреча и последний разговор в жизни Филиппа Колычева.

Восьмого января (6 января по Р. Г. Скрынникову) государь вместе с опричным войском вступил на Новгородскую землю. В районе Городища, где чуть позже начнётся кровавая расправа над жителями, разбили укрепленный лагерь. Далее состоялась встреча государя и Пимена на Волховском мосту. Во время этой встречи Грозный отказался от благословения владыки.

Я не стану подробно останавливаться на описании и хронологии трагических событий, происходивших в те дни. Напомню лишь о самом вопиющем.

Пострадало духовенство, были арестованы владычные бояре, дьяки и прочие высокопоставленные члены Софийской администрации. Само Софийское подворье разграбили. Богатую архиепископскую и владычную казну, множество знаменитых икон, колокола, врата (которые до сих пор красуются в Александровской слободе) и прочую драгоценную утварь изъяли из Софийского собора. Изъятием руководили опричный дворецкий Лев Андреевич Салтыков и духовник царя Евстафий.

Подверглись пыткам и были казнены известный купец Фёдор Сырков и купец А. Тараканов, посмевший выступить против царя московский дворянин Митнев. На Городище казнен слуга князя Владимира новгородский помещик сын боярский Иван Сысоев, наместник Данилов, о котором речь пойдёт далее. Во время экзекуций погиб игумен крупнейшего Антониева монастыря Гелвасий, а в Пскове казнены Корнилий и ученый старец Вассиан Муромцев, оба связанные с А. М. Курбским. Погибли Василий Бутурлин, Григорий Волынский, несколько Плещеевых.

По прибытию в Новгород, действиями опричников был жестоко унижен владыка Пимен, для которого это станет началом конца.

Споры о числе жертв не смолкают. Но даже если бы это число исчислялось десятками тысяч, страшны не цифры, а гибкость специалистов, ловко обслуживающих свои идеи. Количество жертв меняется в зависимости от того, что господин историк хочет нам показать, рассказать и доказать.

По мнению Р. Г. Скрынникова, самые точные данные о новгородском разгроме сообщает Синодик опальных. Скрынников, который отнюдь не симпатизирует царю, подчёркивает, что «огромному» количеству жертв просто неоткуда было взяться. В начале статьи я говорила о том, что самых неблагонадёжных выслали из Пскова и Новгорода до начала всех карательных операций. Города опустели. По этой же причине Пскову досталось намного меньше. Нет, не потому что царь и его команда выдохлись, добравшись до Пскова. Не потому, что царя напугал местный блаженный. А потому, что к моменту прибытия государя опасные псковичи находились в ссылке. Отыгрываться на городских и сельских массах не имело смысла. Опричный погром не затронул сельского населения Новгорода. В результате карательной экспедиции пострадала вполне конкретная прослойка населения, а именно дьяки и подчиненный им аппарат. Как отметил Р. Г. Скрынников, «новгородская измена» сильно подорвала доверие царя к приказной бюрократии. Изучая списки Синодика и даже шапку самого следственного дела (которую я приводила в начале статьи), внимательный читатель заметит, что в группе лиц, подозреваемых в измене, Басмановы и Афанасий Вяземский являют собой странное исключение. Они – крупные политики своего времени, политики военного профиля. Большая же часть обвинённых и казненных – дьяки.