Историк, философ и юрист К. Д. Кавелин был первым, кто взял на себя смелость не согласиться с Н. М. Карамзиным и М. П. Погодиным. Он справедливо подчеркивал все достойные деяния царя, все его достижения, но ответа на вопрос, что такое опричнина, не нашёл. Н. Г. Устрялов видел в опричниках всего лишь отряд телохранителей, главной заботой которого было искоренение крамолы, причем чаще всего мнимой, и охрана вельможной персоны. В то, что опричники изыскивали и разоблачали действительных врагов государства, Устрялов верить отказывался. Р. Г. Скрынников, которого мы уже неоднократно цитировали, считал, что опричнина явилась первым в русской истории воплощением самодержавия как системы неограниченного царского правления. С. Ф. Платонов видел в опричнине крупную государственную реформу, целью и задачей которой было сведение княжат с их родовых вотчин, чтобы окончательно разрушить гнездо княжеского землевладения. Согласно Платонову, боярство – главная причина, по которой централизация страны проходила крайне медленно. Выселяя бояр из опричных уездов, государь рвал их связи с местным населением, которое смотрело на своих хозяев как на маленьких местных государей. Платонов первым попробовал провести детальный анализ. До него изучали лишь внешнюю сторону событий.

С. Б. Веселовский много полемизировал с концепциями других историков, в частности с концепциями С. Ф. Платонова. Но в целом также искал ключ к пониманию опричнины в изучении территориального состава. Проведя подробный анализ жертв опричнины, историк пришел к выводу, что террор был направлен преимущественно против аристократии. Гнезда же удельно-княжеского землевладения (о которых говорил Платонов) располагались за пределами опричных владений. Соответственно, конфискации имущества их не затрагивали. В результате ученый даже в какой-то момент усомнился в осмысленности опричнины и вернулся к концепции личной безопасности. А. А. Зимин собрал сведения о переселениях феодалов в годы опричнины, исследовал состав феодалов, потерявших земли, и результат позволил ученому утверждать, что цели и задачи опричного проекта сводились к объединению русских земель в едином государстве вокруг Москвы. Ответы на волнующие вопросы Зимин пытался получить, опираясь на анализ нескольких крупных опричных мероприятий. Например, разгром Новгорода и репрессии по отношению к церковникам. Также, исследуя тезис об антикняжеской и антибоярской направленности опричной политики, Зимин оспорил «антибоярскую» направленность, отметив, что основными жертвами нового политического проекта стали не боярство, а отдельные удельные форпосты.

П. А. Садиков говорил о том, что опричнина ликвидировала крупное княжеское и боярское землевладение со всеми его привилегиями. Однако, базируясь на этой формулировке, учёный отметил, что как государственное учреждение опричнина остаётся явлением не понятым до конца. Советский учёный В. Б. Кобрин, полемизируя со многими предшественниками, также пришел к отрицанию антибоярской направленности опричнины. Он подчеркивал, что изменений структуры крупного феодального (в том числе княжеского) землевладения после учреждения опричнины не произошло. Кроме того, Кобрин первым предположил, что реформа, которую мы называем «опричнина», не была завершена и доведена до логического конца. Или могла быть выполнена не в полном объёме, поэтому-то смысл и ускользает от исследователей. Эту же мысль об экстренном претворении проекта в жизнь (в его «сыром» виде) развивает и П. А. Садиков.

Единственное, что учёные опровергли наверняка, это миф о худородном происхождении опричников. Из грязи – в князи… Красивая легенда о том, что царь набрал голытьбу, позволив талантливым людям возвыситься, очень долгое время использовалась в творческих, художественных и даже документальных работах, посвящённых опричнине. Миф этот основывается на мемуарах И. Таубе и Э.Крузе. Среди множества нелестных характеристик, данных всему русскому, иностранцы назвали опричников