Не вызывает сомнений, что Савицкий, как и остальные основатели евразийства, был вовлечен в политику. Он несколько раз тайно бывал в СССР, чтобы встретиться с представителями созданной ОГПУ евразийской организации. В программе евразийства 1927 года отмечено, что она написана в Москве. Савицкий оставил в своем архиве запись, подтверждающую, что он подготовил эту программу во время своего путешествия в СССР. С.Л. Войцеховский вспоминал, что видел Савицкого в Варшаве, у Ю.А. Артамонова, за несколько часов до отъезда на советскую границу^>54. После распада евразийского движения Савицкий практически стал его единоличным главой. Ему удалось вновь получить небольшое пожертвование от Генри Сполдинга, и он продолжал евразийские публикации, в которых время от времени даже принимал участие Трубецкой.

В годы войны Савицкий, преподававший в немецком университете в Праге, был вынужден оставить службу, несмотря на все попытки предотвратить это увольнение через контакты с нацистами^>55. Некоторое время он работал директором русской пражской гимназии, затем скрывался в Археологическом институте Кондакова, о чем пишет в своих воспоминаниях Н.Е. Андреев. Вместе с Андреевым Савицкий был арестован Смершем: Андрееву удалось чудом выбраться из Праги, тогда как Савицкий был осужден и провел десять лет в мордовских лагерях. Впоследствии Н.Е. Андреев вспоминал, что майор Смерша, допрашивавший Савицкого, не поверил в то, что изъятые у него патриотические стихи принадлежат его перу, посчитав это «маскировкой классового врага». Для проверки майор велел Савицкому сразу же написать стихотворение в честь Кубанской конной дивизии. Савицкий немедленно написал требуемое, а первая строка в стихотворении звучала так: «Нет имени почетнее, чем конник, ведь конник создал Русь и защитил ее…»^>56 Несмотря на столь успешную демонстрацию патриотизма, советские спецслужбы арестовали Савицкого и вывезли в СССР.

Савицкий провел в заключении полных десять лет. Здесь от ленинградских знакомых (в частности, ленинградский историк Мартынов упоминается в письмах Савицкого 1950-х годов) он узнал о работе Л.H. Гумилева, с которым вступил в переписку (вдохновив его на теорию пассионарности) и которого всячески рекомендовал Г.В. Вернадскому^>57. Когда Савицкий был освобожден из заключения, Андреев писал Вернадскому: «…Забыл написать, что Петр Николаевич Савицкий вернулся в Прагу и, кажется (Ек. Дм. Кусковой), „восторженно оценивает современную Евразию“. Бедный Петр Николаевич…»^>58 Сам Савицкий в своих письмах друзьям и знакомым не уставал подчеркивать, что его убеждения не только не изменились, но и окрепли.

Вернувшись в Прагу (на что ему было дано разрешение), Савицкий вскоре был снова арестован – уже чехословацкими властями. Поводом к аресту, вероятно, послужили его публикации в западных издательствах. Вмешательство ученых с мировыми именами, организованное Н.Е. Андреевым (по иронии судьбы, крупнейший либеральный философ XX века сэр Исайя Берлин принимал участие в освобождении Савицкого от режима, который основатель евразийства интеллектуально поддерживал!), совпало с очередной чисткой в чешском правительстве, и Савицкого выпустили. В обращениях к чешским властям об освобождении Савицкого приняли участие Н.Е. Андреев, И. Берлин, Д. Тредголд, Б. Рассел и Л. Шапиро. Зарабатывавший на жизнь переводами и случайными публикациями, Савицкий уже не вернулся к активной научной деятельности. Его письма конца 1950-х – начала 1960-х годов свидетельствуют о том, что его здоровье и психика были глубоко подорваны годами заключения. В 1968 году Савицкий умер в Праге.