М. П. Богаевский позже отмечал, что «…более 2/3 этого Съезда были фронтовики; настроение было очень бурное, но уже была намечена Казачья программа по 3-м пунктам: общеполитическому, местного самоуправления и земельному». Делегаты Съезда приняли важные резолюции. В них от имени Съезда заявлялось следующее.

Относительно войны говорили о необходимости её доведения до победного конца в единении с союзниками. Временному правительству Съезд выразил полное доверие. Бурное обсуждение вызвал аграрный вопрос, в итоговой резолюции по которому было заявлено о том, что казачьи земли являются неприкосновенными, а находящиеся на территориях казачьих Войск все частновладельческие земли, а также земли государственные, удельные, кабинетские, монастырские и церковные должны были быть возвращены в собственность того Войска, где они находятся. В резолюции о казачьем самоуправлении участники Съезда высказались за введение в казачьих Областях широкого казачьего самоуправления, включающего в себя не только местные, но и высшие его органы в виде войсковых Кругов, Рад, Съездов и избираемых ими войсковых атаманов и войсковых Правительств (Правлений). При этом было решено, что каждое Войско самостоятельно решает вопросы местного самоуправления.

Делегаты проголосовали за образование «Союза казачьих Войск» страны и утвердили его программу. В ней, в частности, содержались положения о том, что деятельность Союза будет направлена на укрепление нового государственного строя, а его члены примут участие в разработке ключевых положений и норм будущей государственной и общественной жизни казачества. В качестве руководящего органа был избран Временный Совет «Союза казачьих Войск» в составе 36 представителей от всех казачьих Войск страны. Нормы представительства в нём были установлены в зависимости от численности того или иного Войска. Помимо руководящих и координирующих функций Временному Совету «Союза» поручалась окончательная проработка и подготовка Учредительного Общеказачьего Съезда.

На Съезде во время одного из заседаний произошёл инцидент. Против руководителей Съезда открыто выступили малочисленные делегаты-большевики и прочие выразители радикально-демократической направленности. Не согласившись с ходом и решениями Съезда, уже 25 марта (в первый день работы) они покинули зал заседаний и объявили об образовании Центрального Совета Казаков, председателем которого стал кубанец Костенецкий. Эта группа делегатов не имела чётко выраженной политической направленности. В программном заявлении Центрального Совета Казаков говорилось, что его целью является «широкая пропаганда идеалов трудящихся, призыв к объединению казачества для борьбы с буржуазией». Эти события свидетельствовали о появлении глубоких трещин в среде кажущегося монолита казачества. Обозначилось существование небольших по численности групп казаков, открыто оппозиционных официальным казачьим лидерам. Последние впервые достаточно отчётливо увидели, что протекавшие в обществе политические процессы всё сильнее затрагивали и казачество. Наибольшую тревогу у них вызывали настроения казаков-фронтовиков.

Однако и правительство поддерживать казачьих лидеров, несмотря на их лояльность, отнюдь не намеревалось. Считало «реакционной» силой, боялось их. Мало того, чтобы обрести поддержку крестьян, оно выдвинуло проект передела земель в казачьих Областях и открыто заявляло, что казакам «придётся потесниться».

Весной и в начале лета 1917 года во всех казачьих Войсках страны состоялись войсковые Круги, Рады, Съезды. Центральным вопросом их созыва и работы являлась организация, впервые с XVIII века, высших органов казачьего самоуправления в лице войсковых Кругов, Съездов, Рады и избираемых ими войсковых атаманов и войсковых Правительств (Правлений).