С 1508 года живописец живет в Риме, куда получил приглашение от папы Юлия II. Наслышанный о юноше священник пригласил Санти расписать станцы – парадные помещения Ватиканского дворца. Увидев эскиз фрески Рафаэля, Юлий II пришел в такой восторг, что отдал живописцу все поверхности, приказав убрать старые рисунки. С 1509 года Рафаэль Санти останется в Вечном городе, разрисовывая станцы, до дня кончины. Станцы Рафаэля – это четыре зала величиной 6 на 9 метров, в каждом из которых ‒ по четыре фресковых композиции. Художнику помогали ученики, одна фреска выполнена после смерти живописца по его эскизам.

Наиболее знаменитая станца – фреска «Афинская школа» (второе название ‒ «Философские беседы»). На ней Рафаэль Санти разместил 50 фигур философов, в облике которых узнаются лица художников и мыслителей Италии (Платон написан с да Винчи, Гераклит похож на Микеланджело). Занявший место умершего Юлия II папа Лев X в 1514 году назначил Санти главным архитектором и хранителем ценностей. Рафаэль построил Базилику Святого Петра, внеся изменения в первоначальный замысел умершего предшественника Донато Браманте, сделал перепись памятников Древнего Рима. Гению мастера принадлежат Церковь Сант-Элиджо-дельи-Oрефичи, Капелла Киджи, Дворец Видони-Каффарелли.

В Риме Рафаэль Санти продолжил галерею мадонн, доведя количество полотен до 42. Они так же трогательны, и прелесть материнства просвечивает в глазах, руках, каждой линии одежд. Но в римской галерее мадонн с младенцами уже виден авторский почерк живописца, индивидуальность. Лики женщин чувственны, в глазах тревога за ребенка.

Усложняются пейзажные композиции на втором плане, внося смысловые оттенки в картину.

В доме мастера в Урбино, который ныне называется «Дом-музей Рафаэля Санти», экспонируется ранняя работа живописца «Мадонна из дома Санти». Искусствоведы не уверены, что полотно рисовал Рафаэль: есть мнение, что оно принадлежит кисти его отца, изобразившего жену с маленьким сыном. На картине мадонна повернута к зрителю профилем, глаза устремлены на книгу, руки нежно прикасаются к сыну. Работа датируется 1498 годом. Самой таинственной называют «Мадонну Грандука» – раннюю работу Рафаэля, относящуюся к 1505 году. Она хранится во флорентийской галерее Уффици.

По рентгеновскому снимку полотна ученые определили, что верхний слой нанесен спустя столетие после того, как Рафаэль Санти написал картину. Искусствоведы сходятся во мнении, что художник Карло Дольчи, владелец полотна, нанес темный фон, так как считал его соответствующим религиозным обрядам. «Мадонна Грандука» находится в галерее Флоренции.

«Мадонна Конестабиле» – ранняя работа 20-летнего художника, написанная в Умбрии в 1502-04 годах. Это неоконченная миниатюра, завершить которую Рафаэль не успел из-за переезда во Флоренцию. Ее второе название ‒ «Мадонна с книгой». Богоматерь с грустью смотрит на улыбающегося младенца, взявшегося рукой за книгу (предположительно, Священное Писание).

В 1871 году царь Александр II купил миниатюру для жены. Спустя 10 лет картину перевели с дерева на холст, качество изображения пострадало. Зато под верхним слоем обнаружили, что первоначально в руке мадонны была не книга, а гранат – символ пролитой крови Христа. Огромную ценность представляет рама: она одного возраста с картиной и предположительно сделана по эскизу самого Рафаэля Санти.

«Мадонна с щеглом» – еще один шедевр Рафаэля, созданный в ранний, флорентийский период. Она написана Санти по заказу друга-купца как свадебный подарок. Деревянное полотно сильно пострадало при обрушении купеческого дома: на рентгеновском снимке видны 17 элементов, из которых она собрана.