Испания привлекла живописца перспективой работы: монарх этого государства Филипп II был заинтересован в украшении внутренних помещений нового дворца, шел подбор мастеров. Будучи в Мадриде и видя целью завоевание авторитета у короля, Эль Греко познакомился с богословом Бенито Монтано и рядом приближенных к настоятелю Толедского собора. В результате вместо королевского заказа первый испанский контракт живописец подписал с представителями церкви.

По заказу были созданы 10 картин, самой известной из которых является «Совлечение одежд с Христа». Сжатый передний план, подчеркивающий давление толпы на Христа, кульминационный момент, когда сопроводитель пленника готовится сорвать с него хитон, и, конечно, интенсивность красного насыщают произведение драматической мощью, свойственной маньеризму.

Но, за полотно, считающее сейчас шедевром мирового искусства, церковь отказалась платить заявленные 950 дукатов. Через суд автор добился суммы в три раза меньшей – 350 дукатов. Претензии заказчиков сводились к тому, что Эль Греко своевольно поместил на передний план трех Марий, кои не упоминались в канонической версии событий. Кроме того, церковников возмутило расположение истязателей выше головы Христа. Тем не менее, заказ для Толедского собора прославил Эль Греко в Испании.

И все же в продвижении ко двору Филиппа II это не помогло. Живописец исполнил два заказа для монарха, но работы короля не впечатлили, и едва начатое сотрудничество с Эль Греко прервали. 44-летний автор решил воспользоваться завоеванной в Толедо славой и в 1585 году открыл здесь мастерскую. В Испанию перебрался римский помощник Теотокопулоса Франсиско Пребосте.

Вскоре живописец создает мистическое полотно – картину «Погребение графа Оргаса». В ней использован сюжет религиозной легенды о богатом жителе Толедо, финансировавшем церковь. «Погребение» изображает двух святых, сошедших с небес, чтобы собственноручно похоронить благотворителя. Полотно создано для толедской церкви Сан-Томе.

Между 1587 и 1592 годами живописец пишет основанную на контрасте образов картину «Апостолы Петр и Павел». Сегодня она хранится в Эрмитаже. Автору не чужд и жанр пейзажа, хотя таких полотен в наследии Эль Греко три. Наиболее известен «Вид Толедо», изображающий озаренный внутренним светом город, раскинувшийся под мрачным, грозовым небом. Картина стала одним из первых пейзажей в европейской живописи.

Незадолго до смерти мастер создал полотно «Снятие пятой печати», которое должно было дополнить внутреннее убранство толедской церкви Иоанна Крестителя. Картина частично утрачена: на рубеже 19‒20 веков реставраторы отрезали верхнюю часть. Считается, что в таком виде произведение послужило источником вдохновения для Пикассо при написании «Авиньонских девиц».

Эль Греко известен также как портретист, умеющий передать характер в чертах облика. В Толедо занимался скульптурой, создал алтари для капеллы Сан-Хосе. Значение творчества связано со становлением маньеризма, послужившего основой барокко, а нарочитая драматичность картин позволила говорить об Эль Греко как о предтече кубизма и экспрессионизма.

С 36 лет художник жил в фактическом браке с испанкой Херонимой де Лас Куэвас. В 1578 году у них родился сын, которого назвали Хорхе Мануэль.

Исследователи предполагают, что Доменико был женат прежде: заключил брак или на Крите, или в Италии. И это не позволило ему зарегистрировать союз с Херонимой. При этом Эль Греко упоминал фактическую жену в официальных бумагах, включая завещание, и признавал сына.

В 1614 году художник работал над заказом для толедского госпиталя, но работа осталась неоконченной.