Немецкий историк и филолог Карл Крумбахер (1856—1909 гг.) назвал «Хронографию» «образцом неслыханной ранее в исторической литературе грубости», содержащим «смехотворные ошибки». Очевидно, академик имел в виду этот отрывок, над которым потешалась развеселая константинопольская публика: «Афр… женился на Астиноме с острова Лакерия и породил дочь, которую он назвал Афродитой. Она стала философом и вышла замуж за Адониса Афинского, тоже философа, сына Кинира от связи с его собственной дочерью. Он (Адонис) был необыкновенно красив, и Афродита влюбилась в него… Говорят, что они практиковали философию вместе до самой смерти» (Книга 1. «Времена Адама», §9). Последняя фраза показалась неизвестному автору «Пасхальной хроники» (VII век), цитировавшему «Хронографию», настолько двусмысленной, что он посчитал нужным добавить: «Они продолжали практиковать философию вместе целомудренно».

Даже такой выдающийся знаток «византистики», как ирландский филолог и искусствовед Джон Б. Бьюри (1861—1927 гг.), оценил работу Малалы как труд, «лишенный пропорции» и содержащий множество ошибок.

Я не нахожу никаких ошибок в сочинении Иоанна, когда он ссылается на тех людей, что действительно и намеренно внесли диспропорцию и множество ошибок в историю: «Три племени разделились по всей земле на 72 народа, как установил учённейший летописец Евсевий Памфил». (Евсевий Памфил Кесарийский (263—340 гг.) – историк церкви и главный цензор, благодаря которому безвозвратно утеряно огромное количество работ греко-римских писателей и греческих переводов с аккадского, коптского, арамейского и др.) Или Иоанн цитирует другого раннехристианского историка Секста Юлия Африкана (160—240 гг.): «Моисей женился на египтянке, дочери Иофора, который был главным жрецом эллинов и человеком, прославленным египтянами и Фараоном, как сказано в трудах Африкана».

И все же гениальный Бьюри вплотную приблизился к разгадке этого «самого загадочного произведения», заметив, что «Хронография» написана в расчете на приобретение широкой популярности. Да, «Хронографию» Малалы с полным правом можно назвать, возможно, одним из первых образцов позднеантичной журналистики. Как сегодня средства массовой информации сообщают о техногенных катастрофах, природных катаклизмах, войнах, скандалах и т. д., так и тогда в VI веке ритор Иоанн информировал не очень требовательную публику о различных происшествиях.

Поэтому в его «Хронографии» появляются, кроме деяний императоров, развлекательные истории об итальянце с желтой собакой, умевшей угадывать-унюхивать воров, беременных женщин, сводников и развратников, или о женщине-великанше, о появившейся «бородатой» комете, испускавшей лучи вниз и напугавшей обывателей, и о других забавных происшествиях.

За последние 20—30 лет интерес к Иоанну Малале возрос. В числе прочих вопросов ставится вопрос о его принадлежности к монофиситству, то есть исповедание христианства автором «Хронографии» исследователи расценивают как факт и не подвергают сомнению. Вообще-то христианская фразеология, как то: «Иисус, наш Господь Бог» или «Спаситель наш, Иисус Христос», в работе Малалы встречается нечасто. Но даже множественное употребление христианских выражений не может служить признаком идентификации автора как христианина.

По моему мнению, Иоанн Малала не только не являлся христианином, но и относился к христианству со скрытой неприязнью, примеры которой можно найти в тексте его «Хронографии». Так, описывая частые землетрясения – божий гнев – в «христолюбивой Антиохии», он неизменно добавляет подробности разрушения христианских церквей, будто акцентируя внимание на связи между природным катаклизмом и засильем христианства в ущерб традиционным культам, при этом демонстративно игнорируя сведения о разрушении других зданий: «На седьмой год его царствования (Юстина) в месяце мае Антиохия Великая претерпела от Божьего гнева, – в репортёрской манере сообщал читателям Иоанн Малала. – Разверзлось основание земли и закипело, горели фундаменты, сотрясаемые колебаниями земли, и превращались в пепел. И можно было видеть страшное и необычайное зрелище: огонь, извергающий ливень, словно ливень из страшных печей, пламя, льющееся дождем… Из-за этого Антиохия стала пустынной. Не сохранилось ни святого храма для молитвы, ни монастыря, ни какого другого не разрушенного святого места, ибо все полностью обрушилось». И после описания этого ада, которым священники грозили пастве, Иоанн ехидно добавляет: «Погибло в этом ужасе 250 тысяч человек, ибо тогда был великий праздник Воскресения Христа Бога нашего» («Хронография», кн. 17 Эпоха императора Юстина, §16).